医学图像配准工具总结

本文总结了三种医学图像配准工具:elastix、ANTs 和 NiftyReg。elastix提供丰富的模块算法,包括多种相似性度量、变换、优化方法等;ANTs则支持较少但基础的配准算法;NiftyReg分为aladin、非刚性自由变形和reg resample三部分。elastix的自适应随机梯度下降法和多分辨率策略受到官方推荐。

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医学图像配准工具总结

一、elastix

参考paper《elastix_A_Toolbox_for_Intensity-Based_Medical_Image_Registration》
源码:https://github.com/SuperElastix/elastix
整体配准框架
在这里插入图片描述

1、各个模块算法

1、cost function
measure the similarity between the fixedimage and moving image,inlcudding:
mean square difference(MSD)、normalized correlation(NC)、mutual information(MI)、normalized MI(NMI)、α-MI、k-statistic
备注:MSD适用于强度相等的图像,即同模态的图像
MI NMI α-MI 适用于多峰图像对
2、transformation
parametrization of the corrdinate transformation ,including:
translation、rigid(translation and rotation)、similarity(rigid plus isotropic scaling)、affin

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