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原创 Transformer模型训练代码实现及详解
表示positional encoding的Embedding的维度(通常与字符的Embedding维度相等,便于相加), i 的取值范围在 [0, d。该脚本包含两个主要的类:PositionalEncoding和TransformerModel。第二个类构建了Transformer的框架(还有没完全注释的地方,后续补充)data.py: 负责数据预处理,包含字符切割、转换为token等;(这里暂不解释脚本中的RNNModel类)其中,pos表示每个字符在句子中的位置,d。剩余两个脚本未完待续…
2023-03-18 11:53:47
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原创 R包ChIPseeker安装
使用BiocManager安装首先安装BiocManagerinstall.packages(“BiocManager”)然后安装ChIPseeker包BiocManager::install(“ChIPseeker”)完成!
2022-03-30 10:03:41
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原创 删除薛定谔安装文件夹后导致无法卸载或重新安装解决方案(附正常卸载方法)
https://www.schrodinger.com/kb/1757参考官方的说明下载官方工具https://content.schrodinger.com/regcurezip/SchrodingerRegCure.zip解压后,把它放在以下路径:C:\Users\usernameusername是电脑的用户名(安装薛定谔时所使用的用户名)然后打开cmd,切换到该目录下,输入:SchrodingerRegCure.exe release username(release是软.
2022-02-15 14:22:04
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原创 pheatmap画热图初试
首先,设置工作路径:setwd()getwd()读取基因表达矩阵,例如RSEM输出的matrix文件data<- read.table("./file", header = T, row.names = 1, sep="\t")data2<- data[ 1:100, ]pheatmap(data2)注意:一定要把header = T和row.names = 1参数加上这时的图可能会很丑,例如:原因是没有进行数据标准化,需要加上scale参数,但scale不允许数据中有全
2022-02-11 20:49:11
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原创 windows11中的ubuntu安装BOOST库时,报错Toolset ‘gcc‘ does not appear to support C++11.
安装BOOST库遇到问题
2022-01-19 23:15:00
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原创 基因差异表达分析——基于RSEM对比,DESeq2操作实例
使用DESeq2的两点要求:DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。DESeq2要求矩阵是没有标准化的。下面是基本流程:一、准备工作:确定工作路径,以确保上传文件时无误getwd() #显示当前工作目录setwd() #设置工作目录操作实例:> getwd()[1] "C:/Users/Larkin/Documents"> setwd("C:/Use...
2020-02-18 22:30:46
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空空如也
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