pheatmap画热图初试

首先，设置工作路径：

setwd()
getwd()

读取基因表达矩阵，例如RSEM输出的matrix文件

data<- read.table("./file", header = T, row.names = 1, sep="\t")
data2<- data[ 1:100, ]
pheatmap(data2)

注意：一定要把header = T和row.names = 1参数加上

这时的图可能会很丑，例如：

原因是没有进行数据标准化，需要加上scale参数，但scale不允许数据中有全空行的出现，所以要先去除数据中的全空行
措施：

#data2[is.na(data2)] <-0		##把表格中na转换为0，在此并不重要，可以不要
data2 <- data2[which(rowSums(data2) > 0),]	##把表格中全空的行删除

然后进行加上标准化参数即可，如下：

pheatmap(data2, scale = "row")

结果如下：

这样就好看多了。
行了，第一次就先是到这了，以后学了再说。