R包ChIPseeker安装

已于 2022-03-30 10:56:07 修改
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分类专栏： 软件安装指南 文章标签： ubuntu linux
于 2022-03-30 10:03:41 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/Larkin_0612/article/details/123839134
版权

使用BiocManager安装
首先安装BiocManager

install.packages(“BiocManager”)

然后安装ChIPseeker包

BiocManager::install(“ChIPseeker”)

然后需要再自己安装一个GO.db包（下载很慢）

BiocManager::install("GO.db")

需要再自己安装一个DO.db包

BiocManager::install("DO.db")

完成！

懒惰的阿呆
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专栏目录
【R package|“ChIPseeker“ 安装不成功】
wenmanyi332的博客
01-25 678
我的R环境如下R.versionstatus。
CHIP下游分析（仅ChIPseeker包）
ymy2019的博客
08-20 4911
这个下游数据是来源自己上周分析的上游。。。。 01.ChIPseeker安装 BiocManager::install("ChIPseeker") library(ChIPseeker) 02.准备或构建基因组注释库 使用现有的 library(org.Hs.eg.db) 或者自己构建一个，指定gff3注释文件即可，小袁这里用的是gtf library(GenomicFeatures) spompe <- makeTxDbFromGFF('gencode.v33.annotation.gtf')
安装chip的时候的报错解决
cj6464979的博客
03-20 270
但是在下载airway这个包的时候出现了报错error reading from connection。本来做chip-seq的时候，需要下载所有依赖R包。选择镜像的时候尽量去除http后面的s。后续所有R包的安装免费分享给大家。
CHIP-seq 全流程
doctor_yuxiang的博客
10-09 1478
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ChIP-seq-analysis:明堂的ChIP-seq分析笔记
05-13
芯片序列分析 Snakemake管道 我开发了一个基于Snakemake的ChIP-seq管道： 。 和ATACseq管道： ChIP-seq的资源 ： ：来自ENCODE的元数据的汇编。 一个bioc包，用于访问ENCODE的元数据并下载原始文件。 论文： 。 序列为.sra格式，需要使用sratools转储到fastq中。 。 序列以fastq格式提供。 用于核小体定位和TF ChIP-seq的工具和论文的集合 评论文章：解密ENCODE EpiFactors是一个表观遗传因子，相应的基因和产物的数据库。 生物明星手册。 我的ChIP-seq章节将于2017年4月发布！ ReMap 2018对法规区域的综合ChIP-seq分析。 ReMap地图集包含来自公共数据集的485个转录因子（TF），转录共激活因子（TCA）和染色质重塑因子（CRF）的8000万个峰。 可以浏览或
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug，以及“GenomicFeatures”包
ACGTexplorer的博客
01-09 5014
平常遇到问题，经常会在CADN中找到解决方法，今天也把自己解决问题的方法的记录一下。 安装代码如下： if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install(“ChIPpeakAnno”) BiocManager::install(“ChIPseeker”) 遇到的问题： #installation path not writable R, unabl
使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释
微生信
02-28 1944
常规的下一代高通量测序（next generation sequencing, NGS）实验通常产生大量短片段(reads)，通常我们需要将这些reads比对到参考基因组/转录组上，即将它们置于生物学上有意义的基因背景下，才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据（当然两者并无严格意义上的区分）
CHIP-seq流程学习笔记（6）-peak注释软件ChIPseeker
垚垚爸的博客
09-22 7567
参考文章： Y叔叔公众号 我的第一次ChIP-seq实践 学习一遍ChIPseeker的使用 使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释 1. 输入数据的说明 作了ChIP-seq试验，经过初步下机处理并比对参考基因组之后，获得了目标蛋白在基因组区域的结合峰位置。接下来就需要对峰位置进行注释，获得这些峰结合在了哪些基因上，位于基因的上下游还是内部，以便了解目标蛋白的功能。 对ChIP-seq峰的结合位置进行注释需要使用上面peak calling产生的结果中的bed文件。 bed
ChIPseeker入门到精通
生信小博士的博客
12-16 3698
刘小泽写于2020.5.23-24 Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的诞生 Y叔一开始使用ChIPpeakAnno进行注释，但使用UCSC genome browser检验结果的时候，发现对不上；另外之前在使用ChIPpeakAnno过程中写了一些可视化函数。后来经过漫长的半夜宿舍苦战，写出了ChIPseeker 1 ChIP-seq简介 ChIP是指染色质免疫沉淀，它通特异结合抗体将DNA结合蛋白免疫
custom-R-functions:自定义R功能
04-09
它在here使用R包（如果没有的话）。 根据here工作所在的当前目录，可能必须更改路径。 chromReads.R chromReads() 提取bam文件并计算每个染色体中对齐的读数，然后绘制条形图。 请注意，此功能不会计算或绘制与...
Atac-seqQC矩阵_Shell_R_下载.zip
04-13
这个压缩包“ATAC-seqQC矩阵_Shell_R_下载.zip”似乎包含了一个用于ATAC-seq数据质量控制（QC）分析的项目，其中可能包括Shell脚本和R语言代码。质量控制是任何生物信息学数据分析的关键步骤，确保数据的准确性和...
cinaR:批量ATAC-seq的计算流水线
04-08
CINAR 概述 cinaR是单个包装函数，用于批量ATAC-seq（或RNA-seq）配置文件的端到端计算分析。 从共识峰文件开始，它输出差异可访问... BiocManager :: install(c( " ChIPseeker " , " DESeq2 " , " edgeR " , " fgsea
GTF集群：有关我的ChIP-seq峰处理脚本，请参阅附件的第101-140页
02-21
DESeq2、edgeR或ChIPseeker等工具可以用于此目的。 8. **可视化**：最后，使用IGV、UCSC Genome Browser或BEDGraph等工具将结果进行可视化，以便直观地查看峰的位置和强度。 这些步骤构成了ChIP-seq数据分析的基本...
chipseeker Y叔
生信小博士的博客
12-16 873
这一次讲解非常重要的peak注释，注释在ChIPseeker里只需要用到一个函数annotatePeak，它可以满足大家各方面的需求。 输入 当然需要我们上次讲到的BED文件，ChIPseeker自带了5个BED文件，用getSampleFiles()可以拿到文件的全路径，它返回的是个named list，我这里取第4个文件来演示。annotatePeak的输入也可以是GRanges对象，你如果用R做peak calling的话,直接就可以衔接上ChIPseeker了。 require(ChIPseeke
使用ChIPseeker进行peak注释
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欢迎关注”生信修炼手册”!ChIPseeker是使用的最广泛的peak注释软件之一，提供了以下多种功能peak在染色体和TSS位点附近分布情况可视化peak关联基因注释以及在基因组各种元...
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ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析
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1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） 2.4 搜峰（Peak_calling） MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释（Peak_anno） ChIPseek.
R包安装方法汇总
Charlotteoqq的博客
07-21 6754
二、BiocManager安装--六：找到R包下载地址后安装。三、git_hub安装。
Ubuntu22.04安装Go语言的几种方式
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ALONG的博客
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Go 推荐使用工作空间（workspace）的概念来组织代码。：Go 语言有许多有用的第三方工具，你可以使用它们来增强开发体验，例如。：安装完成后，你可以通过阅读官方文档、在线教程或书籍来学习 Go 语言。请注意，Go 语言的版本更新频繁，上述命令中使用的版本号（例如。建议访问 Go 官方网站下载最新版本。请检查 Go 官方网站以获取最新版本的下载链接。配置 Go 环境变量。这将把 Go 安装到。来创建一个工作空间。
chipseeker参数
06-01
在 R 语言中，chipseeker 是一个用于 ChIP-seq 数据分析的包，可以用来对 ChIP-seq 数据进行注释和富集分析。该包提供了多种参数，可以用于控制注释和富集分析的行为和结果。 以下是 chipseeker 中一些常见的参数： 1. annoDb：指定要使用的注释数据库，包括常见的数据库如 Ensembl、UCSC 等。 2. tssRegion：指定基因起始区域的大小，用于富集分析。 3. upStream：指定基因上游区域的大小，用于富集分析。 4. downStream：指定基因下游区域的大小，用于富集分析。 5. peakAnnotation：指定要对哪些基因区域进行注释，可选的区域包括 TSS、exon、intron、promoter 等。 6. plotType：指定绘制富集分析结果的图形类型，可选的类型包括 barplot、dotplot、heatmap 等。 7. enrichMethod：指定富集分析的方法，可选的方法包括 hypergeometric、GSEA 等。 8. pvalueCutoff：指定富集分析的 P 值阈值，超过该阈值的富集结果将被过滤掉。 9. qvalueCutoff：指定富集分析的 FDR 阈值，超过该阈值的富集结果将被过滤掉。 需要注意的是，这些参数的取值应该根据具体的数据和分析任务进行调整，以获得最佳的分析结果。在使用 chipseeker 进行 ChIP-seq 数据分析时，可以参考官方文档和示例代码，了解各个参数的含义和用法。
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