[医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小

摘要

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最近需要对WSI图像进行处理，以前没弄过，所以整理下方法。

环境：Ubuntu 18.04 LTS, Python 3.7, pyvips

数据： [TCGA-GBM (Survival Prediction)]

本文主要参考以下两个博客：
https://blog.csdn.net/weixin_41594007/article/details/81810231
https://blog.csdn.net/songyu0120/article/details/85087529

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安装pyvips

1. 用pip 或者conda安装
2. Ubuntu下使用sudo apt install libvips安装c library依赖

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读取svs文件

TCGA_path = 'test.svs'
img = pyvips.Image.new_from_file(TCGA_path, access='sequential')
img.dzsave('/output', tile_height=512, tile_width=512)  # 在这里定义输出patch的大小，现在是512x512

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剔除空patch

我这里用了最傻瓜的方法，就是判断图片的variance，然后用一个阈值给刷掉

image = cv2.read(image_path)
if image.var() < 500:
	os.remove(image_path)