医学图像处理之svs格式

宁静的夜空OL

已于 2022-11-10 10:36:17 修改

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文章标签：计算机视觉

于 2022-11-09 16:02:53 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45958695/article/details/127769773

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何为SVS数据格式？

TIFF（Tagged Image File Format）是一种用于存储图像的文件格式。 TIFF 文件支持多个“页面”或图像以及多种存储格式和压缩方法。其中一种存储格式称为 Tiled TIFF 存储格式。

Tiled TIFF:Tiled TIFF 图像由许多相同大小的方形图块（通常为 256×256 像素）组成。 Tiled格式的优点是可以通过仅加载那些绝对必要的图像（而不是加载单个、大（巨大）、整体的图像）来有效地加载和显示超大图像。

SVS ：SVS文件是一种Tiled TIFF 图像，它具有一些附加页面（图像），其中包括slide label, overview image, and a few smaller, scaled copies of the scanned slide.

我们使用术语“Whole Scan Image”（WSI）来表示包含从显微镜载玻片扫描的感兴趣区域 (ROI) 的任何图像格式。全扫描图像通常非常大。图像像素大约100,000×100,000 ，图片的大小一般在60M-1.5G之间，这些文件太大而无法放入大多数计算机的内存中。因此，传统的图像格式（如 jpg、png 和 bmp）将不能用于存储这种图片。Tiled TIFF file提出将这些图片分割成为一个个的小方形“tiles”。

在OpenSlide Demo中有在线图片可以看。

Three different file formats may be created for whole scan images（WSI）.

Deep Zoom
Tiled TIFF (SVS)
Easy Zoom (SZI)

将SVS转换成通用格式

1、openCV尝试失败：svs文件大小超出范围×

“ cv2.error: OpenCV(3.4.2) /io/opencv/modules/imgcodecs/src/loadsave.cpp:74: error: (-215:Assertion failed) pixels <= (1<<30) in function 'validateInputImageSize' ”，

2、OpenSlide(openslide-python): https://openslide.org/
OpenSlide这是一个开源C库，有python的接口，很好用。具体的openslide的使用，大家可以自行百度，这里有一个不错的链接：https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79817926

# 将.svs转化成.tif
import openslide
import numpy as np
import scipy.misc
 
test = openslide.open_slide('test.svs')
 
img = np.array(test.read_region((0, 0), 0, test.dimensions))
scipy.misc.imsave('test.tif', img)

缺点：保存整张高分辨率图片时，图片的大小以倍数增加（使用tiff格式存储，大概扩大了十倍，但是如果以jpg格式的话，图片确实会很小，但是是属于有损压缩，考虑png也是个不错的选择），因为取的是 level=0下的dimensions，这样可以保持图片的最大分辨率，但是与此同时，如果图片再大一点或者电脑的性能略低的话，电脑就有可能卡死，或者报MemoryError的错误。

3、libvips(pyvips): http://jcupitt.github.io/libvips/API/current/Examples.md.html
libvips也是一个C库，但是也有python接口，叫pyvips，使用方法请查看官方文档：https://libvips.github.io/pyvips/。

下面是代码：

import pyvips
 
img = pyvips.Image.new_from_file('test.svs', access='sequential')
img.write_to_file('test.tif')

优点：直接读取然后存储。不会出现存储不了的情况，也就是不会出现内存错误之类的现象而导致存储失败。

缺点：存储后的图片大小仍然变得特别大。

SVS的显示

1、将svs文件用pyvips库转换成dzi文件格式保存：

import pyvips
 
img = pyvips.Image.new_from_file('test.svs', access='sequential')
img.dzsave('test')

执行以上代码后，会生成两份文件，分别是：test.dzi，test_files，前者是单个文件，后者是一个文件夹，里面存储了svs文件不同分辨率下的切片，test.dzi里面的文件内容如下：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Image xmlns="http://schemas.microsoft.com/deepzoom/2008"
  Format="jpeg"
  Overlap="1"
  TileSize="254"
  >
  <Size 
    Height="32893"
    Width="46000"
  />
</Image>

2、下载OpenSeaDragon库，生成html文件

①要想将dzi文件展示出来，有一个java库叫做OpenSeaDragon（https://openseadragon.github.io/examples/tilesource-dzi/），将OpenSeaDragon下载下来并解压放在任何一个你喜欢的本地文件夹中，重命名为：openseadragon。

②还需要一个html文件（源自：https://blog.csdn.net/qianqianyixiao1/article/details/50420398），这里起名为test.html，内容如下：

 
<!DOCTYPE html>
<html lang='en'>
 
<head>
    <meta charset='UTF-8'>
    <title>OpenSeadragon_Demo0</title>
    <script src='../openseadragon.min.js'></script>
</head>
 
<body>
    <div id='openSeadragon1' style='width:1850px; height:960px;'></div>
</body>
 
 
<script type='text/javascript'>
    OpenSeadragon({
        id: 'openSeadragon1',
        prefixUrl: '../images/',
        tileSources: {
            Image: {
                xmlns: 'http://schemas.microsoft.com/deepzoom/2008',
                Url: './test_files/',
                Overlap: '1',
                TileSize: '254',
                Format: 'jpeg',
                Size: {
                    Height: '32893',
                    Width: '46000'
                }
            }
        }
    });
</script>
 
</html>

记得将里面的数据替换成dzi文件里面的数据，然后就可以将test.dzi文件删除了。

3、将test.html和test_files文件夹置于同一目录（这里我的目录起名为：zoomFiles）下，然后放入到openseadragon文件夹中，然后你就可以点击test.html文件，在网页里就能得到显示对应的结果了。