Python大作业数字病理学图像svs文件任意倍率浏览

小百小摆

已于 2023-11-01 20:33:31 修改

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文章标签： python 开发语言

于 2023-11-01 20:28:09 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_74399268/article/details/134168002

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这个问题有7个子问题，前面都比较简单实现，我们主要聊一下最后一问。

（7）附件 11 中还包含 wsi-01.svs 和 wsi-02.svs 两个文件，请参考文献[1]的设计风格和模式，利用 python、OpenSeadragon 库和 OpenSlide 库，设计一套能够显示 wsi-01.svs 和 wsi-02.svs 文件的前后端 web 软件，可支持任意倍率浏览、任意颜色曲线标注，其他具体细节功能或特色功能可自行决定。（可见题目要求是svs文件在Web端的任意倍率浏览）

参考文献：

[1] https://med.motic.com/MoticGallery/

[2] https://openseadragon.github.io/

[3] https://openslide.org/

首先，SVS文件是Leica Biosystems开发的一种数字病理学图像格式，用于存储数字化的组织切片图像。它是一种高分辨率图像格式，可以显示细胞和组织的微小结构，是数字病理学中常用的文件格式之一。

这种图片一般长这样：

如果我们想要将svs文件呈现在网页端，并且可以任意倍率浏览。可以先跟着我的步骤走，看一看有没有问题：

首先我们需要对svs文件进行一定的处理，一个迅速方便的方法是使用pyvips库将svs文件处理成金字塔切片图像文件夹。

使用以下指令下载pyvips库：

pip install pyvips -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

然后执行如下代码：

# 一种简洁的生成金字塔图片的方式
import os
vipshome = r'D:\python大作业\选做03\vips-dev-8.14\bin'
os.environ['PATH'] = vipshome + ';' + os.environ['PATH']
import pyvips
img = pyvips.Image.new_from_file('wsi-01.svs', access='sequential')
img.dzsave('test')

这个vipshome库文件需要单独下载，这一步是为其配置环境变量。

可以从我的网盘链接下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1egmjbonxfbK-JENuJ6Fofg
提取码：w8qb

也可以去官网下载：https://github.com/libvips/build-win64-mxe/releases

代码执行结束后可以获取到金字塔切片文件夹“test_files”

获取到的这个图片文件夹就是展示源，接下来就是放到前端代码中，我们可以使用一个叫做openseadragon的插件来做到这一点。这个插件可以平滑的展示图片的缩略放大效果。

js代码如下：

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <!-- <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge"> -->
    <!-- <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0"> -->
    <title>openseadragon_demoo</title>
    <script src='openseadragon.min.js'></script>
</script>
</head>
<body>
    <div id="openseadragon1" style="width: 800px; height: 1000px;"></div>
</body>

<script type="text/javascript">

var viewer = OpenSeadragon({
    id:'openseadragon1',
    prefixUrl: './images/',
    tileSources: {
    Image: {
        xmlns:  'http://schemas.microsoft.com/deepzoom/2008',
        Url: './test_files/',
        Overlap: '1',
        TileSize: '254',
        Format : 'jpeg',
        Size:{
           Height: '15171',
           Width:  '14000'
           }
        }
    }
})

其中Height和Width最好是你金字塔图片最大的一层的图片像素宽和高。

其中用到了一个纯js插件openseadragon，可以从参考文献2中下载。

呈现在网页中效果：