PICRUSt2的用法

PICRUSt2的用法

前提是已经安装好Qiime和PICRUSt2。

1.激活qiime2

(这一步需要在ubuntu中进行，在Ubuntu中打开qiime2的命令)
  #进入qiime2环境
  # 激活环境
  source activate
  # 退出环境
  conda deactivate
  conda activate qiime2-2020.2
  qiime --help

2.进入PICRUSt2的路径

PICRUSt2就在home目录中，用cd命令进去就行。

3.然后把table.qza和rep-seqs.qza复制到该路径中，然后保证至少有16G的空间，接着用下面的代码就可以

qiime picrust2 full-pipeline \
   --i-table table.qza \
   --i-seq rep-seqs.qza \
   --output-dir q2-picrust2_output \
   --p-threads 1 \
   --p-hsp-method pic \
   --p-max-nsti 2 \
   --verbose

若是空间不足，就会有如下的报错：

(1/1) Invalid value for "--i-seq": There was not enough space left on '/tmp'
  to extract the artifact 'rep-seqs.qza'. (Try setting $TMPDIR to a directory
  with more space, or increasing the size of '/tmp')