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如果在以上的操作下不能打开linux系统，可以在重启时bios打开CPU的虚拟化并保存，重启成功后打开ubantu就可以成功使用。

1、数据过滤

下载fastp

wget http://opengene.org/fastp/fastp chmod a+x ./fastp

对于质控后的filename.fastq.gz不要重命名（不一定）

##单端数据 fastp -i filename.fastq.gz -o filename_clean.fastq.gz ##双端数据 fastp -i filename.fastq.gz -o filename_clean.fastq.gz -I filename2.fastq.gz -O filename2_clean.fastq.gz

2、bwa 软件比对

下载bwa

git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa make

输入比对指令

bwa mem ref.fasta filename_clean.fq.gz filename2_clean.fq.gz > aln-pe.sam

其中ref.fasta为参考的基因组

3、使用samtools软件

下载samtools sudo apt-get update sudo apt install samtools #或使用conda安装(首先要安装conda) conda install samtools

#或者

linux下samtools安装_linux安装samtools_Gentlezzx的博客-CSDN博客

输入以下指令

samtools view -bS filename.sam > filename.bam

表示sam压缩为bam，>后一定要有空格，否则不识别

samtools sort -@8 filename.bam -o filename.sorted.bam

表示bam文件排序

samtools index filename.sorted.bam

创建一个关于bam的索引文件,我们得到 aln-pe.sorted.bam.bai的文件

IGV软件可视化结果。