R语言行筛选的方法--filter

本次讲解行的筛选,主要是介绍filter函数。

1. 数据

这里,使用asreml分析中的BLUP值为例,相关的模型为:

m1 = asreml(Phen ~ G , random = ~ vm(Progeny,ainv) + vm(Dam,ainv) + vm(Progeny,dinv),
            workspace = "10Gb", residual = ~ idv(units),data = dat)
summary(m1)$varcomp

「计算育种值:」

blup = coef(m1)$random 
head(blup)
tail(blup)

「数据特点:」

  • 没有ID列,rownames的前缀为类型,比如vm(Progeny, ainv)为加性效应的BLUP值,vm(Progeny,dinv)为显性效应的BLUP值。

「提取目的:」

  • 提取加性效应的BLUP值࿰

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