本次讲解行的筛选,主要是介绍filter函数。
1. 数据
这里,使用asreml分析中的BLUP值为例,相关的模型为:
m1 = asreml(Phen ~ G , random = ~ vm(Progeny,ainv) + vm(Dam,ainv) + vm(Progeny,dinv),
workspace = "10Gb", residual = ~ idv(units),data = dat)
summary(m1)$varcomp
「计算育种值:」
blup = coef(m1)$random
head(blup)
tail(blup)
「数据特点:」
-
没有ID列,rownames的前缀为类型,比如
vm(Progeny, ainv)
为加性效应的BLUP值,vm(Progeny,dinv)
为显性效应的BLUP值。
「提取目的:」
-
提取加性效应的BLUP值