R语言中多组学的因子分析

最新推荐文章于 2024-03-09 09:57:31 发布

Mrrunsen

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分类专栏： R语言大学作业文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/123058715

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本文介绍了如何利用R语言的MOFA2包对多组学数据进行降维分析，强调了数据导入条件，包括样本数量要求和数据类型。通过MOFA2分析，发现因子对数据的解释度较高，适合多维度数据的整合。此外，文章还提到了元数据中属性与因子的相关性分析以及因子贡献的可视化方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

多组学的研究在不断进入各个疾病领域，那么如何整合这些多组学的特征成为多组学因子综合分析的挑战，今天给大家介绍一个可以类似于PCA分析对多维组学数据进行降维分析的工具包MOFA2。首先看下包的安装：

BiocManager::install("MOFA2")

接下来我们看下导入此包的数据的条件：

1）样本数不得少于15

2）矩阵数据对应的算法选择：连续正态分布(用高斯似然建模)，频数数(用泊松似然建模)和二分类数据(用伯努利似然建模)。

1. 数据的导入

###简单的矩阵列表data <- make_example_data(  n_views = 2,  n_samples = 200,  n_features = 1000,  n_factors = 10)[[1]]

###数据框的形式filepath <- system.file("extdata", "test_data.RData", package = "MOFA2")load(filepath)head(dt)

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