lme4：用于混合效应模型分析的R包

最新推荐文章于 2023-11-27 16:29:02 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： r语言 c# 开发语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/126830435
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这篇博客介绍了如何利用R包lme4进行混合效应模型分析，以研究排泄物贡献率（AEC）和植物群落异质性（PCH）对土壤氮可利用率的影响。文章提到了区组作为随机因素，并对比了单因素分析的不同方法，建议采用层次分割的分析方式来获取更合理的解释率。分析过程中使用了glmm.hp函数进行建模。
摘要由CSDN通过智能技术生成

准备数据集

在这里插入图片描述
该研究中，以排泄物贡献率（AEC）和植物群落异质性（PCH）对土壤氮可利用率空间异质性作用的混合线性效应模型分析结果总结。排泄物贡献、植物群落异质性以及二者的交互作用作为固定因素，区组作为随机因素

library(lmerTest)
library(readxl)
library(lme4)
library(vegan
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lme4包中的glmer()函数来拟合混合效应模型，并进行逻辑回归分析。
Mrrunsen的博客
02-21 2434
在上面的示例中，我们首先创建一个包含固定效应和随机效应的数据框data，其中y表示因变量，x表示自变量，group表示分组变量。接着，我们使用glmer()函数拟合一个包含随机截距和斜率的混合效应模型，其中(1 + x | group)表示在分组变量group内拟合截距和斜率随自变量x变化的模型。需要注意的是，glmer()函数的模型公式与glm()函数的模型公式类似，但是在处理具有随机效应的数据时，需要考虑数据的层次结构和相关的随机效应。
lme4pureR:lmer 和 glmer 中数值步骤的纯 R 实现
06-20
lme4pureR 来自 lme4 的惩罚最小二乘法 (PLS) 和惩罚迭代重加权最小二乘法 (PIRLS) 算法，但完全用纯 R 编写。这个包的目的是： 阐明 PLS 和 PIRLS 的工作原理，而无需通读 C++ 代码， 作为试用 PLS 和 PIRLS 修改版本的沙箱， 作为描述 lmer 和 glmer 函数的手稿的伴侣。 注意：目前 lme4pureR 的这个分支依赖于 lme4 的 flexLambda 分支。
数据分享|R语言用lme4多层次（混合效应）广义线性模型（GLM），逻辑回归分析教育留级调查数据...
最新发布
拓端研究室TRL
11-27 932
全文链接:http://tecdat.cn/?p=22813本教程为读者提供了使用频率学派的广义线性模型（GLM）的基本介绍。具体来说，本教程重点介绍逻辑回归在二元结果和计数/比例结果情况下的使用，以及模型评估的方法（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。本教程使用教育数据例子进行模型的应用。此外，本教程还简要演示了用R对GLM模型进行的多层次扩展。最后，还讨论了GLM框架中的更多分布和链接函数...
R数据分析：用lme4包拟合线性和非线性混合效应模型
Codewar的博客
06-09 1万+
快一个月没更新文章啦，今天收到好几个粉丝的催更私信，好的吧，实在对不住大家期待的眼神，看样子不能再拖啦，想想写啥好呢，大家咨询比较多的，混合模型算一个，今天就继续给大家写写混合模型如何做吧。 混合模型一般都可以用lme4这个包解决，lme4既可以做线性混合模型，也可以做广义线性混合模型还可以做非线性混合模型，大家有需要可以只研究这一个包就行。 所谓混合模型就是既有固定效应又有随机效应的模型： “mixedeffects”, denotes a model that incorporates both
R语言的lme4包计算组内相关系数
yuanzhoulvpi的博客
10-10 5219
https://www.kaggle.com/rtatman/intraclass-correlation-coefficients-example/ 之前在stackoverflow网上看到的，找了好久 https://stackoverflow.com/questions/52134296/calculate-intra-class-coefficient-for-all-combinat...
lme4qtl:混合模型@lme4 + 自定义协方差 + 参数约束
05-29
lme4qtl扩展了 R 包，用于数量性状位点 (qtl) 映射。 这完全是关于随机效应的协方差结构。 lme4qtl支持用户定义的矩阵，例如亲属关系或 IBD。 请参阅幻灯片介绍lme4qtl R 包或阅读我们的/。 包裹 持续响应 统计...
R统计绘图-线性混合效应模型详解(理论、模型构建、检验、选择、方差分解及结果可视化)
qq_39859424的博客
09-24 2万+
​此文主要涉及线性混合效应模型分析，主要包含以下几部分内容： 1）混合模型基础知识； 2）线性混合效应模型构建(lme4)、检验、解读及可视化； 随机截距与随机斜率模型 3）线性混合效应模型方差分解及可视化； 4）线性混合效应模型比较及选择；
R语言混合效应模型分析
Mrrunsen的博客
07-26 715
混合效应模型是一种统计模型，可用于分析数据中的固定效应和随机效应。在本教程中，我们将详细介绍如何使用R语言进行混合效应模型分析。
lme4 | 这个线性模型对你来说可能更合理
m0_72224305的博客
09-09 981
1写在前面 在进行数据分析时，我们可能经常会遇到分层的数据结构，指每一次观察属于某个特定的组。 比如考察老师的教学成果，而这些老师属于某个班，班又属于某个学校。 2用到的包 rm(list = ls())library(tidyverse)library(lme4)library(modelr)library(broom) 3示例数据 这里我们模拟一个数据，数据描述的是不同部门(department)的老师的收入(salary)情况. create_data <- function() { df
lme4包中的lmer函数语法介绍
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-12 1万+
1. 模型解释 lmer常用模型公式如下： mod= lmer(data = , formula = y ~ Fixed_Factor + (Random_intercept + Random_Slope | Random_Factor)) data，为数据集 y，为观测值，所要分析的性状，因变量 Fixed_Factor，为固定因子 ()内为随机因子 Random_intercept，为随机截距，即认为不同群体因变量的分布不同（通俗的解释：有的人生下来起点高，是富二代，有的人是一般群众，起点低） R
lme4 | 多层线性模型小彩蛋解答
m0_72224305的博客
09-09 321
1写在前面 本期回答一下上期中小彩蛋部分的问题，如下： Q: 不同的department的base不同，raise也不同，我们得出不同的α和β。 可否等价为，先按照department分组，然后分别计算α和β。 A: 不等价！ 2用到的包 rm(list = ls())library(tidyverse)library(lme4)library(modelr)library(broom)library(ggsci)library(broom.mixed) 3示例数据 数据描述的是不同部门(depart
lme4 | 在R中运行混合效应模型（多层模型）
Mrrunsen的博客
09-06 1670
使用lm()或glm()函数运行的线性模型或广义线性模型属于固定效应模型（Fixed Effect Model），它假设每个自变量系数以及截距是固定的。如果假定变量系数或截距会随某分组变量而变化，此时仍然可以使用固定效应模型，也可以选择使用随机效应模型（Random Effect Model）。以数据集sleepstudy为示例数据，通过下图可以观察Subject变量对Days和Reaction之间的关系具有异质性作用。
R语言用lme4多层次（混合效应）广义线性模型（GLM），逻辑回归分析教育留级调查数据...
拓端研究室TRL
07-21 76
全文链接:http://tecdat.cn/?p=22813本教程为读者提供了使用频率学派的广义线性模型（GLM）的基本介绍。具体来说，本教程重点介绍逻辑回归在二元结果和计数/比例结果情况下的使用，以及模型评估的方法。本教程使用教育数据例子进行模型的应用。此外，本教程还简要演示了用R对GLM模型进行的多层次扩展。最后，还讨论了GLM框架中的更多分布和链接函数。相关视频本教程包含以下结构。1. 准...
R语言，GLMM 模型 ，lme4包中的 lmer（）的使用
热门推荐
qq_20241587的博客
07-19 2万+
写在前面 本文介绍了 R 语言 中， 用 “lme4” 包中的“lmer（）”函数 构建 GLMM 模型的一些内容。 问题 R语言中，构建GLMM 模型时，一个好的选择是使用“lme4” 包中的“lmer（）”函数。 前些天一个小伙伴问我 ："下面这个模型中，(1|car_type) 是啥意思啊？" lmer(wear~wheel+(1|car_type)) 我其实一直知道这是一个 "固定部分(wheel) + 随机部分 (car_type)" , 而且它仅仅是 随机截距而 没有随机斜...
ggstatsplot | 一个满足你日常统计需求的高颜值R包（五）
m0_72224305的博客
08-26 411
🤩 ggstatsplot | 一个满足你日常统计需求的高颜值R包（五） 1. 写在前面 点图用处非常广泛，可以展示变量的分布情况，变量之间的相关性，回归结果等 上期介绍了ggstatsplot包中绘制dotplot,scatterplot的相关函数 本期重点介绍ggcoefstats函数, 高颜值展示你的回归结果 2. 用到的包 rm(list=ls())library(tidyverse)library(ggstatsplot)library(lme4) 补充知识: lme4包提供的建模方式
生态学数据分析：混合效应模型与R语言实践
书中可能涵盖了如何使用R语言中的包（如lme4、nlme、glmmTMB等）来构建和分析这些模型。R语言在生态学和统计学领域广泛应用，因其开源、强大的图形能力和丰富的统计包而受到青睐。学习如何在R中实现这些模型对于生态...
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