使用R创建基于基因网络的可视化
简介
这个教程将向您展示如何使用R中的igraph
,ggraph
,tidyverse
和ggnewscale
库创建一个基于基因网络的可视化。您将学会如何导入数据、处理数据、创建图形以及添加自定义样式和标签,以便更好地理解基因之间的相互作用关系和差异表达情况。
步骤
步骤 1:导入数据
首先,您需要导入两个数据文件,一个包含网络相互作用信息,另一个包含节点信息。您可以使用read.table
和read.csv
来完成这一步。
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidyverse)
library(ggnewscale)
ppidf <- read.table("string_interactions_short.tsv", header = FALSE)
nodes <- read.csv("geneInfo.CSV", header = TRUE)
步骤 2:数据处理
在导入数据后&