使用R创建基于基因网络的可视化

使用R创建基于基因网络的可视化

简介

这个教程将向您展示如何使用R中的igraph，ggraph，tidyverse和ggnewscale库创建一个基于基因网络的可视化。您将学会如何导入数据、处理数据、创建图形以及添加自定义样式和标签，以便更好地理解基因之间的相互作用关系和差异表达情况。

步骤

步骤 1：导入数据

首先，您需要导入两个数据文件，一个包含网络相互作用信息，另一个包含节点信息。您可以使用read.table和read.csv来完成这一步。

library(igraph)
library(ggraph)
library(tidyverse)
library(ggnewscale)

ppidf <- read.table("string_interactions_short.tsv", header = FALSE)
nodes <- read.csv("geneInfo.CSV", header = TRUE)

步骤 2：数据处理

在导入数据后&