【基因组学】系统发育分析-进化树的相关知识点

如果你也想丰富文章图，或者想与你所研究的基因进行深入交流

那么你可能需要以下工具：进化树！！！简而言之，毕业无望，进化树来凑！

一分钟了解 进化树

进化树的全称叫系统发育树分析，
系统发育树分析：又名分子进化树，是生物信息学中描述不同生物之间的相关进化关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程，确定一个基因的进化历程。
它的样子是这样子的：

亦或者也是这个样子的：

进化树构建总体流程

以下流程为SunflowerTools:A package for Tree visualiazation and Data exploration的汉化：
这个工具还没有完全完成，它的定位是易操作的 易分析的 全面的 基因进化 分析工具
向日葵的构想来源：

流程简介

基因组学有关知识点

中科大有门课，基因组学，有一部分也介绍了系统发育分析：

有关知识点如下：
1.第1个获得的个人基因组图谱：2007年Craig Venter 。
2.人类基因组单体型图 Haplotypemap
3.单体型（haplotype）
4.人类单体型图的主要结论的故事
5.连锁不平衡：LD linkage disequilibrium
6.国际千人基因组计划，在单碱基水平研究广泛人类变异。
7.人类基因组mapping图中的结构变异包括（ ）（ ）（ ）
8.人类基因组结构变异中的copy数变异包括（ ）、（ / ）
9.比较基因组杂交CGH：是将（ 消减杂交 ）和（ 荧光原位杂交 ）相结合，用于检测DNA序列的拷贝数变异，并将其定位在染色体上的方法。
10.CGH的限制在于不能够检测（ ）和（ ），因为DNA的拷贝数没有发生改变，同时由于探针数量的限制，分辨率是100kb作用，相当数量的变异检测时取决于那组探针被使用。
11.深度测序检测SV的方法有①覆盖度深度的方法 ②（ ） ③（ ）④（ ）
12.列出你所的疾病数据库（OMIM pubmed malacards ）

13.研究生物进化的常见方法（ ）（ ）（ ）。
14.同源（homology）:来源于共同祖先的（ ）。
15.直系同源 orthologs:不同物种中来源于共同祖先的同一基因。
16.旁系同源 paralogs:在同一物种中，由于（ ）而产生的基因，可能会进化出与原来功能相关的基因。
17.用于分子进化分析中的序列必须是（ ）的才可以反映其进化的过程。
18.异同源（xenolog）通过某一个基因（ ）得到的同源序列，来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因
19.趋同进化（convergent evolution）:不同的生物通过不同的进化途径获得相似的功能，如鲸鱼、海豚和鱼类。
20.同源分为3种（ ）、（ ）、（ ），其中只有（ ）才可以用于分子进化分析以反映其进化的过程。
21.什么是分子钟假说（molecular clock hypothesis），中性理论为其提供了怎样的支持？
Pauling等认为某一蛋白在不同物种间的（ ）与所研究物种间的（ ）接近正线性关系，进而将分子水平的这种（ ）称为分子钟。
日本群体遗传学家木村资生（motookimura）提出中性理论：（1）进化过程中的核苷酸置换其绝大部分是（ ）或（ ）的突变随机固定的结果，而不是正向达尔文选择的结果。（2）许多蛋白质多态性必须在选择上为中性或近中性，并在群体中由突变引入和随机灭绝二者之间的维持平衡。
中性理论认为绝大部分氨基酸置换是中性或近乎中性，分子水平的恒速变异的分子钟假说在此理论下成立。
22.系统发育树 phylogenetic tree 用一种类似树分支的图像来概括一组对象（ ）之间的世系关系。
23.分子系统树 通过比较不同生物生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为 分子系统树。
24.系统发育树是一种（ ），由一系列节点nodes和分支branches组成，其中每个节点代表1个（ ）（物种或序列），而节点之间的连线则代表物种之间的（ ）。
25.系统发育树的组成结构，为什么系统发育树一般都是二叉树?

26.无根树的拓扑结构反映（ ），有根数的拓扑结构反映（ ），通过添加（ ），无根树可以转变为有根树。
27.系统发育树的种类有哪2种？解释它们各自的含义，它们的不同之处在哪里？
答：系统发育树有基因树和物种树2种，基因树是指由来自各个物种的1个基因构建的系统发育树，表示基因分离的时间，物种树代表1个物种或群体进化历史的系统发育树，表示2个物种分歧的时间。物种树种的内节点分支代表物种形成，它代表着生殖隔离的形成。基因树种的基因蛋白可以在新物种形成前后复制或进化，基因树与物种树的拓扑结构不同。
28.简述构建系统发育树的方法
（1）挑选待分析的序列
（2）多序列比对
（3）选择建树模型
（4）构建系统发育树
（5）系统发育树检验可靠性分析、
（6）系统发育树的美化

一步一步的教程

ggtree

x <- read.tree("C:/Users/Newick") ##更换目录
library("ape")
library("ggtree")
groupInfo <- split(x$tip.label, gsub("_\\w+", "", x$tip.label))
y <- groupOTU(x, groupInfo)
ggtree(y, aes(color=group), layout='circular') + geom_tiplab(size=1, aes(angle=angle))

# 加载R包
# 读取树文件（ggtree针对不同工具生成的树文件有不同的函数进行读取，如没有对应的函数，可以使用通用的办法读取）
# 读取分组信息
# 按类分组
# 将分组信息添加到树中
tree <- groupOTU(x, groupInfo)
# 绘制进化树
ggtree(tree, layout="fan", ladderize = FALSE, branch.length = "none",aes(color=group)) + geom_tiplab2(size=3) + theme(legend.position = "right")

输出结果：

Mega 7.0

Mega使用起来简单，易上手，无需编程基础，下面将对其进行介绍：

MEGA软件作为一种用于分析物种鉴定、亲缘关系、分子功能等的工具，已经越来越成为生物学研究的常用软件。

1. Step1: 序列比对
2. Step2: 建立进化树
3. Step3: 进化树美化
   iTOL