Linux R包报错:cram/cram_io.c:61:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory

错误信息

操作系统:ubuntu 20.04 64位

安装Rhtslib包的时候出现错误,错误信息:

> BiocManager::install("Rhtslib")
cram/cram_io.c:61:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory
   61 | #include <lzma.h>
      |          ^~~~~~~~
compilation terminated.
make[1]: *** [Makefile.Rhtslib:128: cram/cram_io.o] Error 1
make[1]: Leaving directory '/tmp/Rtmp428cj4/R.INSTALL14a4e8febbab/Rhtslib/src/htslib-1.7'
make: *** [Makevars.common:24: htslib] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘Rhtslib’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/Rhtslib’

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpcHBCud/downloaded_packages’

解决办法

一般是由于系统缺少包所导致的编译失败,通过安装libbz2-dev、zlib1g-dev和liblzma-dev解决此类问题:

sudo apt-get install libbz2-dev
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install liblzma-dev

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