编译安装samtools
相关文件下载
samtools
htslib (如果samtools文件夹有,则不需要)
编译samtools
./configure
make
一般会报错,提示
bam_tview_curses.c:41:20: fatal error: curses.h: No such file or directory
#include <curses.h>
cram/cram_io.c:57:19: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include <bzlib.h>
htslib-1.4/htslib/bgzf.h:35:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include <zlib.h>
cram/cram_io.c:60:18: fatal error: lzma.h: No such file or directory
#include <lzma.h>
需要安装如下包
sudo yum install bzip2-devel
sudo yum install ncurses-libs
sudo yum install ncurses-devel
yum install -y xz-devel // lama.h 错误需要
然后继续编译安装 samtools
./configure
make
make prefix=/opt/samtools install
添加环境变量
打开 ~/.bashrc,为samtools添加环境变量
vim ~/.bashrc
export PATH=/opt/samtools/bin:$PATH
source ~/.bashrc
这样即可使用samtools命令了
其他
依赖的包,除了用命令行安装,也可使用源码编译的方式,该方式也很简单,在官网下载源码,直接 ./configure make make install 即可