Linux R shiny server 部署后报错：cannot open the connection

错误描述：

在服务器上面部署了R的shiny app之后，部分页面显示“cannot open the connection”，根据这个错误提示搜索了一下，发现绝大部分问题是由于工作路径设置不正确导致的，但是这应当不是shiny app会出现的错误，于是查看了日志文件

cd /var/log/shiny-server

详细的错误信息是这样的：

Warning in file(file, ifelse(append, "a", "w")) :
  cannot open file 'DBA_tamoxifen_report.csv.csv': Permission denied
Warning: Error in file: cannot open the connection
  149: file
  148: utils::write.table
  143: pv.DBAreport
  142: dba.report
  138: <reactive:dbareport_Annotation> [/srv/shiny-server/ATAC-DEA/server.R#1198]
  122: dbareport_Annotation
  121: <reactive:DE_Annotation> [/srv/shiny-server/ATAC-DEA/server.R#1214]
  105: DE_Annotation
  104: exprFunc [/srv/shiny-server/ATAC-DEA/server.R#1227]
  103: widgetFunc
  102: ::
htmlwidgets
shinyRenderWidget
  101: func
   88: renderFunc
   87: renderFunc
   83: renderFunc
   82: output$dbareport_Annotation_Table
    1: runApp
Warning: Error in file: cannot open the connection
  117: <Anonymous>
Warning: Error in file: cannot open the connection
  171: <Anonymous>

原来这一句 cannot open file 'DBA_tamoxifen_report.csv.csv': Permission denied 才是问题的关键，检查了应用里的相关代码，发现只要是出错的页面都需要读取这个文件，由于权限限制而导致无法读取所以出现错误。

之后进入到应用程序的目录对文件的权限情况进行查看：

root@root:/srv/shiny-server/ATAC-DEA# ls -l
total 228
-rw-r--r-- 1 root root 41797 Jan 10 09:20 DBA_tamoxifen_report.csv.csv
...

开头的一组信息表示权限情况，第一组是1个字符，表示类型；其他都是3个字符为一组，分别表示以下几种状态：可读权限(read)、可写权限(write)以及可执行权限(execute)，三者分别对应的字符为r、w和x。而总共有三组，分别代表3类人的权限：文件所有者（user）、文件所有者所在组（group）以及其他（others）

1. 第一组：第1个字符，‘-’代表这是一个文件，如果是'd'则代表这是一个目录
2. 第二组：第2-4个字符，'rw-'代表文件所有者具有读写权限
3. 第三组：第5-7个字符，'r--‘代表文件所有者所在组只有可读权限
4. 第四组：第8-10个字符，’r--‘代表其他用户只有可读权限

所以只需要对文件的权限情况修改即可解决问题。

解决问题

使用chmod命令对文件权限情况进行修改，具体的命令形式可参考其他博客（Linux下更改文件权限）。