生信小白入门必看网站！常用数据库分享

新手上路，如何快速了解自己课题，含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的，可结合自己的研究背景挑选使用，主要是应用在组学研究or基因功能研究中。

生信小白入门必看网站！常用数据库分享https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkwNjQyNTUwMw==&mid=2247484394&idx=1&sn=7cc46fdb51804446516ceb37941e85ce&chksm=c0e9e61af79e6f0cfd9eeaf1605bb5984c06fa6a5671e830bfbb763711ca7b4fc695b6905be3&token=33868450&lang=zh_CN#rd

1、由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）开发维护，隶属美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。

​

​

数据库链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、phytozome基因组文件下载网站

需要提前注册，才能下载基因组文件使用，注册免费，流程非常简单，可以直接点网站的右上角Login找到注册位置即可。

注册网站：https://contacts.jgi.doe.gov/registration/new?_gl=1*9odg16*_ga*MTQ3NDcxNzMxMC4xNjgxNzQ4NTY0*_ga_YBLMHYR3C2*MTY4NzQzMTY4MC40LjAuMTY4NzQzMTY4MC4wLjAuMA..

​

​

输入Arabidopsis thaliana 查找拟南芥基因组信息

​

根据需要下载自己需要的信息，gff3、pep、cds文件。

​

网站：https://phytozome-next.jgi.doe.gov/

3、pfam文件下载，以PF03106（WRKY）为例

​

​

点generate得到PF03106_seed.txt的pfam文件

​

可以进一步利用hmmer构建隐马尔可夫模型(Hidden Markov model, HMM)，代码如下：

hmmbuild WRKY.hmm PF03106_seed.txt

4、psRNATarget，寻找miRNA目的靶基因

​

等待几分钟即可

​

​

编辑切换为居中

添加图片注释，不超过 140 字（可选）

网站：https://www.zhaolab.org/psRNATarget/

5、启动子上游转录因子查找Promoter Analysis

​

​

网站：http://plantpan.itps.ncku.edu.tw/promoter.php

6、planttfdb植物转录因子数据库

​

收录了156个物种的转录因子数据库数据

TF list, CDS and Protein sequences for 156 species (157 organisms)

拟南芥一共有2296个转录因子，属于58个基因家族中，这为研究基因家族的小伙伴提供了非常快键的查询信息。

网站：http://planttfdb.gao-lab.org/download.php

7、分子育种数据查询工具Molecular Breeding

​

​

物种的农艺性状数据，地理位置信息都非常齐全。

​

网站：https://www.mbkbase.org/

好了今天的分享就到这里为止，喜欢的小伙伴，点赞加收藏，转发朋友圈扩散！