gdc-client.exe使用教程

gdc-client.exe使用教程

(前排推荐一下自己写的gdc-client窗体辅助运行程序，可以在窗口中更直观地使用gdc-client的下载功能，省去不停敲命令行的麻烦(′▽`〃)
自制gdc-client.exe窗体辅助运行程序
https://blog.csdn.net/Re_98560286270/article/details/137300389

0.简介

需要的文件：

0.1 exe本体

这个没啥好说，可执行文件，看图标是python写的

0.2 txt文件

在download命令里反复看到txt，看了一圈博客，txt应该是一个“购物车”，你去TCGA官网选好你要下载的数据库，然后按一下官网的一个按钮，官网会返回给你一个数据库名单，然后你拿着这个txt名单去gdc client.exe，软件会帮你一个个下载

0.3 dtt文件

(没弄到默认设置，用自己的dll顶替一下)(该文件不是必须的)

配置文件，看到不少博客说这个软件下载速度很难受，改dll可能会有用…

看别人说这条命令能看setting…不过我这里好像不行，而且这条命令直接把我的exe给清了…总之谨慎设置吧…

【拓展】dtt文件详细内容【该步骤专门用于解决网络问题，可以先跳过】(该部分内容来自网络，楼主还没实机操作过，仅供mark)
默认setting内容：

[download]
no_auto_retry = False
no_file_md5sum = False
save_interval = 1073741824
retry_amount = 1
n_processes = 4
no_annotations = False
no_related_files = False
http_chunk_size = 1048576
no_segment_md5sum = False
server = https://api.gdc.cancer.gov
wait_time = 5.0
no_verify = False
dir = .

机翻一下：

无自动重试=错误
无文件md5sum=False
保存间隔=1073741824
重试次数=1
n_processes=4
无注释=错误
无相关文件=错误
http区块大小=1048576 ——>每一次http请求的数据块大小，怕断线可以调小
无分段md5sum=False
服务器=https://api.gdc.cancer.gov
等待时间=5.0 ——>http请求的等待时间，可以调大些
no verify=False ——>校验
dir=。

修改后的dll：来自https://www.jianshu.com/p/bea374ce82b3

[download]
no_auto_retry = False
no_file_md5sum = False
save_interval = 1073741824
retry_amount = 6
n_processes = 4
no_annotations = False
no_related_files = False
http_chunk_size = 4096
no_segment_md5sum = False
server = https://api.gdc.cancer.gov
wait_time = 25.0
no_verify = True
dir = .    

然后把后缀改个dtt，保存

1. 配置全局变量

(本步实机操作未成功…先跳过这一步吧，仅供参考，mark)

右键此电脑 --> 属性，打开高级系统设置

打开环境变量

双击系统变量中的Path

新建或者浏览，把你的gdc client目录添加上

ps：经测试，还是要控制台切到对应文件路径才能用，鬼知道哪里出了问题…汗

如果你需要手动移动控制台位置，在控制台使用下面的指令

cd [路径]

2. TCGA官网获取数据

官网：https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga

点击Access TCGA Data

然后是这个界面：

选择Repository界面(

这里把前两页的txt文件全选上，用于测试

购物车页面：

下载Manifest

现在就拿到正经的下载目录了

内容：

3. download命令下载

3.1 首先演示没有mainfest文件时download会怎么报错：

gdc-client error: argument -m/–manifest: can’t open ‘gdc_manifest.txt’: [Errno 2] No such file or directory: ‘gdc_manifest.txt’
gdc客户端错误：参数-m/–manifest：无法打开“gdc_manifest.txt”：[Erno 2]没有这样的文件或目录：“gdc_manifest.txt”

再演示一下空的manifest下载：

3.2 正经的manifest下载

1.先进入路径：

2.下载命令格式：

gdc-client.exe download [--config] [dtt文件名] -m gdc_manifest.txt文件名

正式下载：
gdc-client download -m D:\gdc-client_[MEDICINE]\gdc_manifest_20231025_031114.txt

成功下载