众所周知,天下人苦 conda 久矣,一是速度太慢,对于管理不善的集群简直是噩梦,二是转起来鬼知道他什么时候会停下来,三是目前的国内镜像好像包不太全,总之会有各种问题。每次装包都是漫长的等待,先是探索未知的喜悦,然后悲从中来发现完全装不上。
Miniforge
https://github.com/conda-forge/miniforge
基于 conda 的包管理与环境管理软件,其实本质还是 conda,但做了轻量化的处理,使用 conda-forge 作为包默认安装库,但不妨碍你指定 bioconda 等其他库。听别人说还能避免 ANACONDA 商用带来的影响??
安装
目前支持 win\mac\linux 平台的安装,下面介绍一下 linux 系统的安装
1. 下载
如果你可以直接连上 github
wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh"
如果连不上,请使用魔法上去下载 .sh 文件
2. 安装
cd your/path
bash Miniforge3-24.11.2-1-Linux-x86_64.sh
出现这个画面,一直回车到出现 yes or no,输入 yes
之后会显示安装到哪个目录,一般是默认在用户目录下,也可以安装到自己的 bin 目录或者其他目录,不更改就直接回车
这里不会设置环境变量的朋友请直接输入 yes,会的朋友自理。
之后出现这个画面
切记运行一次
source ~/.bashrc
出现这个即为安装成功,注意看一下是不是自己选择的路径,如果不是可能是你的 ~/.bashrc 文件有问题。
之后每次进入命令行都带有 base 标签,不想的话可以使用以下命令解除
conda config --set auto_activate_base false
3. 使用
## 建立环境
conda create -n env_name
## 下载
conda install packagename
## 指定 bioconda 下载
conda install -c bioconda package
## 查找某个包
conda search packagename
## 查看环境
conda info --e
## 删除环境
conda remove -n env_name --all
## 进入环境
conda activate env_name
## 推出环境
conda deactivate
>以上就是全部内容,主要是介绍 miniforge 这个项目,极大的加速了使用 conda 下载包的速度,至于 conda 的操作,网上已经是满山满海教程,请自行搜索,共勉!