fNIRS光极排布——基于fNIRS Optodes’ Location Decider (fOLD)工具包

前言

  fNIRS实验设计面临一个挑战:如何将感兴趣的大脑区域（ROI）转化为光极在头皮上的具体位置？fNIRS实验设计受限于有限数量的光源和探测器,需要将它们放置在头皮的选定部位，优化配置它们，在合理的资源内探测到ROI，是值得思考的问题。

  笔者在学习fNIRS实验时，也会陷入一些疑惑：在source和detector有限的情况下，如何排布光极才是最优解呢？

  有没有一种自动化的方法来根据ROI来决定光极位置？

  fOLD工具包正是为解决这种需求而开发的，它可以自动决定fNIRS光极位置的方法：最大化对感兴趣脑区的解剖特异性。笔者通过学习发现，它的使用非常简单，可以很好的帮助我们进行光极排布的优化，特此分享一下学习笔记。

1.环境配置

一、软件版本

• （1）fOLD MATLAB App版本: 2.2.1

• （2）MATLAB版本: R2021a

二、安装方法

​​​​​​（下载地址）https://github.com/MasaakiFujino/fOLD-public/tree/master/App在github上下载matlab APP对应格式后，打开MATLAB，找到下载路径，点击即可自动安装。

安装完成后在MATLAB APP里点击即可打开，非常轻松易用。

2.使用步骤

1. 启动: 在MATLAB中运行fOLD应用程序。

2. 选择头部模型: 可选择Colin27或SPM12模板。

3. 定义感兴趣区域(ROI):

   • 从内置脑图谱中选择
   • 或导入自定义ROI

4. 设置参数:

   • 选择光极系统(如10-10系统)
   • 设置源-探测器距离范围
   • 定义所需通道数量

5. 运行优化: 点击"Run"按钮开始计算最优光极布局。

6. 查看结果:

   • 检查生成的光极位置和通道
   • 分析ROI覆盖率和特异性

7. 导出结果: 可将优化后的光极布局导出为文件。

3.算法原理

论文原文请参考：fNIRS Optodes’ Location Decider (fOLD): a toolbox for probe arrangement guided by brain regions-of-interest | Scientific Reports

一、光子传输模拟:

使用蒙特卡洛方法模拟近红外光在头部组织中的传播。

二、敏感度计算:

基于光子传输模拟结果,计算每个可能的fNIRS通道对大脑不同区域的敏感度。

三、特异性评估:

计算每个通道对用户定义的感兴趣区域(ROI)的特异性,即该通道对ROI的敏感度相对于整个大脑的比例。

四、优化算法:

采用启发式算法,在满足用户设定的约束条件(如源-探测器距离、通道数量)的前提下,寻找最大化ROI覆盖率和特异性的光极布局。

五、迭代优化:

通过多次迭代,不断调整光极位置,直到达到最优解或满足终止条件。