大脑可视化：多种方式实现fMRI的ROI的绘图

前言

  在探索神经科学的深邃领域中，我们常常面临着如何将复杂的脑区数据以一种清晰、直观的方式呈现给同行和公众的挑战。随着功能性磁共振成像（fMRI）技术的发展，我们拥有了更多工具来揭示大脑的奥秘。本文旨在介绍一系列笔者学习的fMRI可视化软件，它们在神经影像处理领域扮演着至关重要的角色。

本文将深入探讨MRIcron、Mango、XJview和BrianNet这几款软件的使用方法，并用它们绘制同一个脑区的ROI，通过比较它们在呈现时的差异，希望可以帮助大家选择最合适的软件呈现自己的结果～

多种软件绘制同一ROI的效果

目录

前言

一、BrainNet

环境配置：

操作步骤

1.设置路径

2.运行GUI

3.载入文件

二、Mango

软件

操作步骤

效果

三、MRICron 

软件

操作步骤

效果

四、XJview

软件

操作步骤

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一、BrainNet

 BrainNetViewer是一个功能强大的神经影像学工具，它能够帮助研究人员以三维的形式直观地展示大脑结构和功能区域。它主要在基于matlab的环境运行。

  

环境配置：

• BrainNetViewer软件（官网下载）
• BrainNetViewer手册（官方Mannual）
• MatlabR2010b(above)

操作步骤

1.设置路径

2.运行GUI

BrainNet

3.载入文件

  因为本文绘图的目的是在体积中绘制 ROI 簇，所以需要加载大脑表面（surface）和体积(volume)文件。

  ROI簇的volume文件应为为 NIFTI 格式，可以是 T-map、Z-map、atlas 或其他任何体积数据,配对文件或.nii 文件均可。

不同的视图选择

全脑参数调整

BrainNetViewer灰质ROICluster效果

  根据上诉指南载入surfacetemplate和在mapping file 载入cluster.nii文件后，调整好所需要的参数，并点击OK，就会自动生成。上图为全视角的ROI展示。

二、Mango

软件

• 官方网站

操作步骤

  Mango的操作非常简单，只需要open一张template，然后File-Add Overlay...里选择cluster.nii文件即可。然后可以在color里调整颜色。

效果

Mango效果图

三、MRICron 

软件

官方网站

操作步骤

 MRIcron的操作步骤和Mango类似，都非常简单，打开templateh后Overlay-Add-Cluster.nii即可。

效果

MRIcron效果图

四、XJview

软件

下载链接

简单教程

操作步骤

1.   安装spm
2.   matlab添加路径
3.   File-Open Images
4.   Slice view
5.   Render view

Render view

Slice view