【软件介绍】IGV软件的安装和基本介绍

最新推荐文章于 2025-03-28 19:25:35 发布

hucy_Bioinfo

最新推荐文章于 2025-03-28 19:25:35 发布

阅读量1.8w

点赞数 22

分类专栏：基因组学软件工具文章标签：其他

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_22253901/article/details/119845652

版权

【软件介绍】IGV软件的安装和基本介绍

1. IGV 下载与安装
2. Java 安装及环境变量设置
3. IGV 基本介绍
4. 文件格式说明

在这里插入图片描述
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一个高性能的可视化工具，可以交互式的察看综合的基因组相关数据，友好的支持多种数据类型，包括芯片、二代测序和基因组注释数据等。IGV是基于Java的工具，且在不断更新当中，不同版本的IGV可能需要不同的Java版本。

1. IGV 下载与安装

IGV 有Windows、MAC和Linux系统对应的版本，下载网址为：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download。
本文以 Windows (64 位) 系统为例进行介绍。安装好IGV后，可以查看安装目录下的readme.txt 文件，以确定所需的Java版本。IGV 2.10.3 版本需要Java 11，且与Java 8，9，10版本不兼容。
在这里插入图片描述

2. Java 安装及环境变量设置

查看电脑上已安装的Java版本：
在这里插入图片描述
可见，已安装的为Java 8，需重新安装并配置Java 11。由于是二进制版本，因此不需要安装，解压后，配置环境变量即可使用。
Java 11 二进制版本的下载地址：https://download.java.net/java/GA/jdk11/9/GPL/openjdk-11.0.2_windows-x64_bin.zip。

下载目录：
在这里插入图片描述
环境变量设置：
(1) 新建JAVA_HOME变量，并且输入JDK11的安装目录。
(2) 编辑Path变量把%JAVA_HOME%\bin;这个变量插入。

通过cmd窗口验证jdk11是否安装成功：

双击igv.bat文件（有时需鼠标右键以管理员身份运行），即可打开IGV。打开IGV时，会调用windows的cmd面板。

3. IGV 基本介绍

3.1 IGV 界面布局

官方示例：http://software.broadinstitute.org/software/igv/MainWindow
在这里插入图片描述
① 工具栏：基因组列表区、染色体列表区、检索区（可填入基因名，基因组位置等信息来定位到具体基因组区段）、工具区（依次为返回至整个基因组视角，后退一步操作，前进一步操作，刷新，选取特定区域，缩放至屏幕大小，track 信息展示方式）、缩小和放大视野。
② 染色体：染色体上的红框表示为显示在当前track上的相应区域，当缩小到显示完整的染色体时，红色方框消失。
③ 刻度线表示所处的染色体位置坐标，span列出当前显示的碱基数量（244 bp）。
④ tracks区域：主要的信息区，通常会显示甲基化、基因表达、拷贝数、杂合性缺失（Loss of Heterozygosity）、突变等信息；对应的有三种显示形式：collaspsed（堆积）、squished（压缩）和expanded（展开）。
⑤ 特征显示区：如，基因。蓝色粗线为外显子区域，细线为内含子区域，空白为基因间隙；
⑥ track 名称区：列出 track名称，即导入的比对等结果名称，一个文件就是一个 track。

其他示例：

James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24-26 (2011).

Thorvaldsdóttir H, Robinson JT, Mesirov JP. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Brief Bioinform. 2013 Mar;14(2):178-92.

3.2 IGV 结果界面

在这里插入图片描述
①可手动输入想要察看的染色体/基因/contigs/scaffolds编号/位点（如，chr5:90,339,000-90,349,000；DPYD或NM_10000000），然后回车查看；
②参考序列对应的核酸序列，其中四种核酸分别用不同的颜色表示：A绿, C蓝, G橙, T红，下面为对应翻译的氨基酸序列，甲硫氨酸（M）用绿格表示，终止密码子（*）星号红格表示；当右上角的标尺足够大时此区域才会显示；在sequence track中有一个向右的小箭头，点击小箭头方向变为向左，此时获得的是参考基因的反向互补序列。
③不同颜色条表示排序方式，鼠标停留在此处右键选择 <Color alignments by> 可选取不同的颜色形式；同时每一个长条对应的序列和比对信息可以鼠标右键选择来拷贝；每一个长条都是由一系列的核酸序列组成，可通行<Show all bases> 来显示；比对的reads长条也可通过成对的形式显示；
④鼠标停留时会显示此处碱基统计信息；当导入数据为比对的bam数据时，此处所在区域为 Coverage Track。