mac版 IGV(版本2.12.3)安装

IGV使用需要联网!!

安装了近2个小时,一直出现的问题就是没有报错,就是点图标无反应,一度想放弃,但终于柳暗花明!

之前电脑安装过,但因为电脑之前升级, 基本格式化, 之前的软件环境都没了

网上搜解决方法未果. 因为软件应该没问题,就考虑是Java的问题. 最开始安装的Java8(比较久版本的IGV对应version 8), 点图标无反应; 配置环境变量后仍不行, 考虑可能是Java版本的问题, 搜IGV官网也没有说明具体对应的是哪个版本的, 是在老版本的页面发现的

在这里插入图片描述

需要提前安装Java, 最新版的IGV需要Java11, 官网安装需要账号, 没有账号, 搜到了这个下载链接(感谢分享!!):
https://blog.51cto.com/u_15294985/5132958

IGV的环境变量配置参考的是这个帖子
https://blog.csdn.net/qq_42825813/article/details/123046604

Igv下载链接: https://igv.org/
下载包括有java的版本

在这里插入图片描述

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IGV(Integrative Genomics Viewer)是一种用于可视化和分析基因组数据的计算工具。在可变剪接分析中,IGV可以提供有助于研究人员理解可变剪接事件的视觉化和分析工具。 可变剪接是一种基因表达调控机制,它允许一个基因产生多个转录本(mRNA),从而在其编码蛋白质序列中产生多样性。可变剪接在多个生物过程中发挥重要作用,包括细胞分化和发育、免疫应答和疾病的发生。 使用IGV进行可变剪接分析时,研究人员可以加载已经测序并进行基因组比对的转录组数据。IGV提供了一个可交互的基因组浏览器,可以根据用户的需求导航浏览基因组的各个区域。研究人员可以通过简单的鼠标操作放大缩小特定区域,观察基因的表达情况和可变剪接事件的发生。 IGV还提供了多种显示方式,用于可视化可变剪接事件。例如,利用堆叠图显示类似于stacked bar chart或rhombus plot的数据展示方式,可以直观地展示在给定基因上多个可变剪接的转录本相对表达水平。此外,研究人员还可以通过颜色编码或其他方式对可变剪接事件进行标记,以便进一步分析和注释。 总之,IGV作为一种强大的基因组数据分析工具,在可变剪接分析中发挥了重要作用。它提供了可视化和交互式的界面,帮助研究人员深入研究可变剪接事件,并为科学家进一步理解这一过程提供有力支持。

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