clermontyping安装使用

1 安装依赖

根据github主页提供的指示，我们需要安装以下依赖：

1.1 BLAST+

下载并解压包：

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz
tar zxvpf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz

1.2 Biopython

安装biopython：

#python3安装biopython
python3 -m pip install --user biopython

1.3 pandoc

下载地址：

根据系统安装pandoc（我的服务器为amd的cpu）：

# 下载
wget https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/3.1.8/pandoc-3.1.8-linux-amd64.tar.gz

# 解压
tar zxvpf pandoc-3.1.8-linux-amd64.tar.gz

1.4 安装相关R包

注意更新R版本大于3.4.2。
未避免造成环境污染，使用conda创建虚拟环境：

# 创建并激活环境
conda create -n clermonTyping
conda activate clermonTyping

安装相关R包：

# readr
conda install r-readr

# dplyr
conda install r-dplyr

# tidyr
conda install r-tidyr

# stringr
conda install r-stringr

# knitr
conda install r-knitr

2 下载使用clermontyping

2.1 下载解压

clermontyping功能是以shell脚本的形式提供的，因此无需安装，但需要下载源码：

wget https://github.com/A-BN/ClermonTyping/archive/refs/heads/master.zip
unzip ClermonTyping-master.zip

2.2 使用

直接调用clermonTyping.sh会打印以下参数：

clermonTyping.sh
#Script usage :
#	-h					: print this message and exit
#	-v					: print the version and exit
#	--fasta					: fasta contigs file(s). If multiple files, they must be separated by an arobase (@) value
#	--name					: name for this analysis (optional)
#	--threshold				: option for ClermontTyping, do not use contigs under this size (optional)
#	--minimal				: output a minimal set of files (optional)
#	--fastafile				: file with path of fasta contig file.  One file by line (optional)
#	--summary				: file with path of *_phylogroups.txt. One file by line (optional)