手术机器人DVRK学习系列之（1）-安装和编译

手术机器人DaVinci由美国Intuitive公司开发，感兴趣的同学自己Baidu,google或者Being。Intuitive将部分产品送给了许多大学和研究机构进行研究。在此基础上形成了基于达芬奇硬件系统的开源代码，在GitHub上都有下载，对于广大从事手术机器人研发的同仁而言，是一个很不错的借鉴和参考。这里要介绍的是由约翰霍普金斯大学（JHU）维护的代码，本篇从安装和编译开始。

1.安装ROS

ubuntu上安装ROS，这是机器人行业的必修课，JHU-DVRK最终生成的可执行的程序是需要ROS环境的。说明一下，本人使用的ubuntu的版本是14.04.5_x64，ROS的版本是indigo。至于安装ROS的step by step，同学们直接去ROS官网吧，或者网络上搜索。无奈本人刚入行不久（还没入门），就不继续献丑了。

2.从GitHub上下载源码

我用的是JHU提供的代码，同学们可以从这个链接从GitHub上下载(https://github.com/jhu-dvrk)

JHU提供了整套的代码，那我们该下载哪些呢，JHU是怎样组织这个工程的呢?

JHU提供的代码整体而言分成两部分：dvrk-ros和cisst-saw。

dvrk-ros是最后运行于ROS之上的应用程序，属于应用层。

cisst-saw（Computer-Integrated Surgical Systems and Technology，计算机集成外科系统与技术，Surgical Assistant Workstation，外科辅助工作站）是dvrk-ros要调用的各种组件和库，包括运动学、动力学、立体视觉等等，属于中间层和底层，应该说cisst-saw是整套工程的重点，对于热心研究自动控制的同学而言是一份不错的自学材料，不要错过哦。

这两部分的代码在不同地址下载：

dvrk-ros：https://github.com/jhu-dvrk/dvrk-ros

cisst-saw:https://github.com/jhu-cisst/cisst-saw，同学们若是按照这个地址下载会发现，从GitHub下载得来的cisst-saw-master.zip文件只有9K左右，进一步解压之后会发现，每个目录下面都是空的！说好的是重点的呢？怎么什么都没有呢？同学们不要着急，让晚生解释给你听。这其实是JHU告诉大家，cisst-saw这一层的工程组织就是按照这些空目录的方式组织的。至于具体的干货，需要按照这些目录指出的工程去https://github.com/jhu-cisst和https://github.com/jhu-saw下面去找。

这个cisst-saw分两部分，一个是cisst目录，一个是以saw打头的目录（不止一个哦）。见图1：

图1：

OMG，怎么这么多工程？确实很多，不过作为第一步，先玩起来才是目标，经过晚生琢磨，简化结果如下：

图2

是不是少了很多？有人会有怀疑了，凭什么这么少呢？其实，这也是有根据的，同学们去https://github.com/jhu-dvrk看一下，有两个重要的工程：dvrk-ros和sawIntuitiveResearchKit，其实dvrk-ros要依赖的是sawIntuitiveResearchKit！进一步进入sawIntuitiveResearchKit的链接https://github.com/jhu-dvrk/sawIntuitiveResearchKit，会发现JHU说，sawIntuitiveResearchKit要依赖cisst、sawRobotIO1394、sawControllers和sawConstraintController，经过进一步测试，发现还需要sawKeboard和sawTextToSpeech。因此最终要下载的cisst-saw工程就如图2所示。

至此，相信吃瓜群众都能看明白我们需要从JHU的GitHub上下载什么了，好，下面贴一下各个工程的下载地址。

cisst的下载地址，https://github.com/jhu-cisst/cisst。这个目录下面都是干货，所有的底层代码全部在里面，包括前面提到的运动学、动力学、立体视觉等等，见图3

图3

saw*部分的下载链接：

sawConstraintController，https://github.com/jhu-saw/sawConstraintController，不清楚这个是干什么的
sawControllers，https://github.com/jhu-saw/sawControllers，不清楚这个是干什么的
sawIntuitiveResearchKit，https://github.com/jhu-dvrk/sawIntuitiveResearchKit，记住，dvrk-ros就是依赖这个，这个在依赖其他的哦
sawKeyboard，https://github.com/jhu-saw/sawKeyboard，不清楚这个是干什么的
sawRobotIO1394，https://github.com/jhu-saw/sawRobotIO1394，这个应该是连1394相机用的，机器人需要眼睛的嘛。也有可能是其他高速设备连接用的lib。
sawTextToSpeech，https://github.com/jhu-saw/sawTextToSpeech，这个应该是文字转语音的，看来daVinci还是很智能的，会说话。

需要下载的代码就是上面提到的，还有一些编译时要用到的工具性软件，在后面逐步介绍。

3.编译下载得到的代码

前面提到，总的来说分成两个目录去编译：dvrk-ros和cisst-saw。

因为dvrk-ros要依赖cisst-saw，因此咱们先编译cisst-saw。

3.1 编译cisst-saw

在JHU的wiki上，JHU反复强调cisst-saw部分要用CMake去编译，那我们就按照CMake的一般规则，先在cisst-saw的同级目录下建立一个build目录，咱们就建议build_cisst_saw吧：

sudo mkdir build_cisst_saw

cd build_cisst_saw

编译之前注意备份好cisst-saw目录，后面要删掉重来的，因此需要备份

好，直接cmake吧：

cmake  ../cisst-saw，成功了，继续make吧。等了好久，终于结束了，全部编译通过了，So easy。

不幸的是，没这么简单。

上面提到的，dvrk要依赖sawIntuitivResearchKit，sawIntuitiveResearchKit又要依赖其他5个。看一下JHU在cisst-saw目录下提供的CMakeList.txt，发现内容如下：

cisst_offer_saw_component (sawKeyboard ON)
cisst_offer_saw_component (sawTextToSpeech ON)
cisst_offer_saw_component (saw3Dconnexion OFF)
cisst_offer_saw_component (sawCANBus OFF)
cisst_offer_saw_component (sawControllers OFF)
cisst_offer_saw_component (sawConstraintController OFF)
cisst_offer_saw_component (sawTrajectories OFF)
cisst_offer_saw_component (sawBarrett OFF)
cisst_offer_saw_component (sawCMUSphinx4 OFF)
cisst_offer_saw_component (sawClaronMicronTracker OFF)
cisst_offer_saw_component (sawDataPlayer OFF)
cisst_offer_saw_component (sawGLUTSimulator OFF)
cisst_offer_saw_component (sawIntuitiveDaVinci OFF)

set (IS_QNX FALSE)
if ("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" STREQUAL "QNX")
  set (IS_QNX TRUE)
endif ("${CMAKE_SYSTEM_NAME}" STREQUAL "QNX")
cisst_offer_saw_component (sawJR3ForceSensor OFF)

cisst_offer_saw_component (sawLoPoMoCo OFF)
cisst_offer_saw_component (sawMedtronicStealthlink OFF)
cisst_offer_saw_component (sawMicroScribeDigitizer OFF)
cisst_offer_saw_component (sawNDITracker OFF)
cisst_offer_saw_component (sawNovintFalcon OFF)
cisst_offer_saw_component (sawOpenAL OFF)
cisst_offer_saw_component (sawOpenDynamicsEngine OFF)
cisst_offer_saw_component (sawOpenIGTLink OFF)
cisst_offer_saw_component (sawOpenNI OFF)
cisst_offer_saw_component (sawOpenSceneGraph OFF)
cisst_offer_saw_component (sawSartoriusScale OFF)
cisst_offer_saw_component (sawSensablePhantom OFF)
cisst_offer_saw_component (sawRobotIO1394 OFF)
cisst_offer_saw_component (sawATIForceSensor OFF)
cisst_offer_saw_component (sawAtracsysFusionTrack OFF)

if (UNIX)
  cisst_offer_saw_component (sawIntuitiveResearchKit OFF)
endif (UNIX)

OMG，需要编译的，JHU几乎默认全部都关闭了，如果要让后面的dvrk-ros顺利进行下去就必须把要依赖的工程改成ON，

这里需要做这些修改：

cisst_offer_saw_component (sawControllers OFF)                  -> cisst_offer_saw_component (sawControllers ON)  
cisst_offer_saw_component (sawConstraintController OFF)   -> cisst_offer_saw_component (sawConstraintController ON)

cisst_offer_saw_component (sawRobotIO1394 OFF)              -> cisst_offer_saw_component (sawRobotIO1394 ON)

cisst_offer_saw_component (sawIntuitiveResearchKit OFF)   -> cisst_offer_saw_component (sawIntuitiveResearchKit ON)

不过若是不做上面的修改，最重要的cisst倒是编译通过了，只关心底层技术的同学可以就此结束了。当然，要想把daVinci整套代码跑起来，还是得继续下去。

现在在build_cisst-saw下面执行rm -rf *，把这个目录全部清空。

好，现在可以继续了，在build_cisst-saw目录下执行cmake ../cisst-saw，这回发现cmake失败了，提示信息如下：

-- Could NOT find Curses (missing:  CURSES_LIBRARY CURSES_INCLUDE_PATH)
Can't compile curses based test programs for Amp1394, make sure you have libcurses dev installed
CMake Warning at /home/shaquille/WorkSpace/DVRK/build_cisst-saw/cisst/cisst-config.cmake:143 (message):
  find_package: cisst library "cisstTestsDriver" doesn't exist or hasn't been
  compiled
Call Stack (most recent call first):
  sawRobotIO1394/tests/CMakeLists.txt:25 (find_package)

CMake Error at sawIntuitiveResearchKit/components/CMakeLists.txt:38 (message):
  You need to make sure CISST_USE_SI_UNITS to ON

-- Configuring incomplete, errors occurred!

首先cmake提示咱们没有安装libcurses-dev，那咱们就安装吧，apt-get install libncurses5-dev

安装完成之后，继续rm -rf *，继续cmake ../cisst-saw，还是有错，提示如下：

CMake Error at sawIntuitiveResearchKit/components/CMakeLists.txt:38 (message):
  You need to make sure CISST_USE_SI_UNITS to ON

-- Configuring incomplete, errors occurred!

从这些信息可以看出，ncurses已经被cmake找到了，但是其他地方还有错。

怎么回事呢？其实，cisst-saw这个目录下的工程是要根据实际情况去配置的，因此需要修改一些cmake的工程配置，那如何修改cmake的工程配置呢？这里就不能简单的命令行操作了，需要用到cmake-gui。没用过的同学没关系，在Terminal里面试一下cmake-gui，没有的话就apt-get install cmake-gui。具体cisst-saw如何编译，最好先看一下JHU的官方声明，具体链接地址：https://github.com/jhu-cisst/cisst/wiki/Compiling-cisst-and-SAW-with-CMake。在继续任务之前，最好安装好qt5，本人的ubuntu是14.04.5，按照JHU的提示安装Qt5，执行sudo apt-get install qt5-default libqt5xmlpatterns5-dev。现在假设你装好了cmake-gui，先将build_cisst_saw下的文件全部删掉sudo rm -rf *，再清空cisst-saw目录下的内容，把刚才备份的cisst-saw目录下的内容全部拷贝到刚才被清空的cisst-saw目录下。在build_cisst_saw目录下执行:

sudo cmake-gui ../cisst_saw

3.2 使用cmake进行编译配置

执行cmake-gui之后出现cmake的配置界面，点击“Browse Source”指定cisst-saw目录（其实就是指定cisst-saw目录下CMakeList.txt的位置）。再点击“Browse Build”按钮，选择已经建立好的build_cisst-saw目录。最后勾选“Grouped”和“Advance”复选框，最终如图4所示：

图4

在这个界面上结合JHU的说明（https://github.com/jhu-cisst/cisst/wiki/Compiling-cisst-and-SAW-with-CMake）和咱们的实际情况，就可以进行工程的配置了。按照JHU的要求有几个是必须要选的：

CISSTNETLIB_DOWNLOAD_NOW
CISST_HAS_CISSTNETLIB

有几个是可选的，不过还是建议选上
CISST_XML_LIB，这个需要有libxml2的支持哦，强烈建议选上
CISST_HAS_SWIG_PYTHON ，这个需要有Python的支持，如果同学门的ubuntu上已经有SWIG和numpy的话，最好装上。本人没有，就没选了。

CISST_HAS_QT5，刚才本文已经提示要安装了，选上CISST_HAS_QT5就不能再选CISST_HAS_QT4了，这个一定要注意哦，不然CMake会提示出错的。
CISST_BUILD_TESTS，这个需要CPPUnit的支持，ubuntu上直接apt-get install libcppunit-dev就可以了

CISST_USE_SI_UNITS，之前编译不过就是因为没选这个，现在选上吧

CISST_cisstRobot，这个看起来就不明觉厉，还是选上吧

CISST_HAS_JSON，这个一定要选上哦，不然后面编译不过的。没有安装JSON的需要执行apt-get install libjsoncpp-dev

SAW_sawTrajectories，这个应该是搞路径规划的，在SAW目录下，里面有不少干货，强烈建议选上

根据实际情况设定好之后，就点击“Configure”按钮，让cmake帮你生成make所需的文件吧。

不过cmake提示有错，如图5和图6所示：

图5

图6

其实这个和之前的CISST_HAS_CISSTNETLIB有关，这次配置选项里多了一个Ungrouped Entries和CISSTNETLIB，展开它们，在CISSTNETLIB_DOWNLOAD_ARCHITECTURE中填写“x86_64”，在CISSTNETLIB中勾选其中的CISSTNETLIB_DOWNLOAD_NOW。

再次点击“Configure”按钮，从cmake的log中就会看到cmake在下载cisstNetlib：

Downloading: http://unittest.lcsr.jhu.edu/cisst/downloads/cisstNetlib/uncompressed/cisstNetlib-Fortran-3.0.0-Linux-x86_64.tgz

因为要下载，所以会耽误一点时间，天朝的网络访问外网本来就慢，大家耐心等个半小时吧

等待下载完成之后，cmake会提示配置成功。这个时候要留意一下QT目录下面cmake给生成的qt的路径是否是qt5的（cmake默认生成的是qt4的），要保证那些目录对应qt5的目录。改完之后再次点击“Configure”。

一切准备就绪之后点击“Generate”，这样配置阶段就大功告成，开始make吧。

由于工程很多，编译需要一点时间。编译结束时，make提示编译成功了，进行最后一步make install。

3.3 编译dvrk-ros

dvrk-ros的编译工作相对少一点，参考一下JHU的说明即可：https://github.com/jhu-dvrk/sawIntuitiveResearchKit/wiki/CatkinBuild

dvrk-ros需要依赖cisst-ros，因此还要编译cisst-ros（下载地址：https://github.com/jhu-cisst/cisst-ros）

需要说明的是，dvrk-ros不是用catkin make，需要用catkin build，编译之前需要安装这个工具sudo apt-get install python-catkin-tools。具体编译步骤如下：

1.建立一个build目录，mkdir catkin_dvrkros_ws，进入这个目录cd catkin_dvrkros_ws

2.建立src目录，mkdir src

3.初始化ROS的工作空间，catkin build

4.将当前workspace路径告诉ROS，source ./devel/setup.bash

5.进入src目录，cd src

6.在src中建立cisst-ros，mkdir cisst-ros

7.进入cisst-ros目录，从git上获取cisst-ros源码，git clone https://github.com/jhu-cisst/cisst-ros
8.在src中建立dvrk-ros，mkdir dvrk-ros

9.进入cisst-ros目录，从git上获取dvrk-ros源码，git clone https://github.com/jhu-dvrk/dvrk-ros

10.一切准备妥当，开始编译，执行catkin build

执行到sawRobotIO1394的时候提示出错了，出错信息如下：

Errors     << dvrk_robot:cmake /home/shaquille/WorkSpace/DVRK/catkin_dvrkros_ws/logs/dvrk_robot/build.cmake.002.log                                                                                        
Information: cisst has been found in "/usr/local/", headers are in "/usr/local//include"
CMake Error at /home/shaquille/WorkSpace/DVRK/catkin_dvrkros_ws/src/dvrk-ros/dvrk-ros/dvrk_robot/CMakeLists.txt:63 (find_package):
  Could not find a configuration file for package "sawControllers" that is
  compatible with requested version "1.4.0".

  The following configuration files were considered but not accepted:

    /usr/local/share/sawRobotIO1394/sawRobotIO1394Config.cmake, version: unknown

实际上，这个地方实际上是因为cmake漏掉了一些copy的工作，参照一下/usr/local/share/sawRobotIO1394和/usr/local/share/sawTextToSpeech目录下的文件的区别，如图7和图8所示：

图7

图8

发现/usr/local/share/sawRobotIO1394下有一个文件，而/usr/local/share/sawTextToSpeech下有两个文件。实际上sawTextToSpeechConfigVersion.cmake仅仅指明了sawTextToSpeech版本信息。弄清楚这个问题，将sawTextToSpeechConfigVersion.cmake复制到/usr/local/share/sawRobotIO1394目录下，并且改名为sawsawRobotIO1394ConfigVersion.cmake。打开sawRobotIO1394Config.cmake中规定了版本号是1.4.0，那就需要将sawsawRobotIO1394ConfigVersion.cmake中的版本号也改成1.4.0。此外，sawControllers和sawIntuitiveResearchKit也有同样的问题，那就用同样的方法做一些修改。

继续编译，版本信息出错的问题没有了，但是还有其他错，提示说

/usr/bin/ld: cannot find -lsawControllersQt

这个很显然是因为没找到sawControllersQt，在/usr/local/lib下面只有其他编译出来的.a文件，确实没有libsawControllersQt.a，如图9所示：

图9

那libsawControllersQt.a在哪呢？去build_cisst_saw目录下的cisst/lib下面去找一下，那些.a都在里面，找到libsawControllersQt.a，并将其copy到/usr/local/lib目录下。

继续catkin_build，又提示出错了：

Errors     << dvrk_robot:make /home/shaquille/WorkSpace/DVRK/catkin_dvrkros_ws/logs/dvrk_robot/build.make.002.log                                                                                          
/home/shaquille/WorkSpace/DVRK/catkin_dvrkros_ws/src/dvrk-ros/dvrk-ros/dvrk_robot/src/dvrk_full_ros.cpp:53:6: warning: unused parameter ‘sig’ [-Wunused-parameter]
 void mySigintHandler(int sig)
      ^
In file included from /usr/local/include/sawIntuitiveResearchKit/mtsIntuitiveResearchKitMTM.h:23:0,
                 from /home/shaquille/WorkSpace/DVRK/catkin_dvrkros_ws/src/dvrk-ros/dvrk-ros/dvrk_robot/src/dvrk_mtm_ros.cpp:28:
/usr/local/include/sawIntuitiveResearchKit/mtsIntuitiveResearchKitArm.h:39:69: fatal error: sawIntuitiveResearchKit/mtsIntuitiveResearchKitArmTypes.h: No such file or directory
 #include <sawIntuitiveResearchKit/mtsIntuitiveResearchKitArmTypes.h>
                                                                     ^
compilation terminated.
make[2]: *** [CMakeFiles/dvrk_mtm_ros.dir/src/dvrk_mtm_ros.cpp.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/dvrk_mtm_ros.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2
意思就是说在下面没找到mtsIntuitiveResearchKitArmTypes.h，继续在~/build_cisst_saw里面找，找到include目录，找到sawIntuitiveResearchKit目下，果然有mtsIntuitiveResearchKitArmTypes.h,继续将其copy到/usr/local/include/sawIntuitiveResearchKit目录下。

继续编译，继续说缺少mtsVFDataFollow.h，回到刚才那个目录，继续将mtsVFDataFollow.h往/usr/local/include/sawIntuitiveResearchKit下面copy。

继续编译，终于全部成功了，提示如下：

Finished  <<< dvrk_teleop                      [ 23.0 seconds ]               
[build] Summary: All 9 packages succeeded!                                    
[build]   Ignored:   None.                                                    
[build]   Warnings:  1 packages succeeded with warnings.                      
[build]   Abandoned: None.                                                    
[build]   Failed:    None.                                                    
[build] Runtime: 32.9 seconds total.                                          
[build] Note: Workspace packages have changed, please re-source setup files to use them.

好了，今天就到这里吧，希望对同学们有用。