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RSS订阅原创 Exonerate安装及注释
下载Exonerate v2.4（这个软件已经停止维护了）。创建名为exonerate的conda环境，完成后进入环境。全部通过即安装成功。--model protein2genom #指定比对模式。--showalignment no #关闭显示比对细节。注意Exonerate是在src中的program里面。-q T_l_protein.faa #指定参考基因组。--showtargetgff #输出格式为GFF。-t ######.fa #指定需要注释的基因组。我的基因组比较小所以没进行分割。
2023-11-13 12:03:06
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原创 GeneMark-ES/ET/EP的安装
首先看一下官网的GeneMark的说明他有好几个专用版本，例如GeneMark-ES，GeneMarkS，MetaGeneMark，GeneMark.hmm with Heuristic Models，GeneMark.hmm Prokaryotic，GeneMark.hmm Eukaryotic，GeneMark。需要哪个下载那个我的样品是真核的刚开始看文章用了GeneMark.hmm，下载后发现库很少，后来发现GeneMark-ES里面也有GeneMark.hmm。
2023-11-06 22:12:11
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空空如也
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