Exonerate安装及注释

最新推荐文章于 2024-07-19 11:44:44 发布
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Exonerate | EMBL’s European Bioinformatics Institute
下载Exonerate v2.4（这个软件已经停止维护了）。

$conda create -n exonerate
$conda activate exonerate

创建名为exonerate的conda环境，完成后进入环境。

tar -xvzf exonerate-2.4.0.tar.gz

解压

 $./configure
 $make

编译一下（我是全程无报错）。

$make check

软件测序，这个check就在安装目录下。全部通过即安装成功。

$export PATH=~/#######/exonerate-2.4.0/src/program/:$PATH

注意Exonerate是在src中的program里面。

至此安装完成。

加一个我的预测命令：

$exonerate --model protein2genome -q T_l_protein.faa -t #####.fa --showtargetgff --showalignment no>T_l_output.gff

--model protein2genom #指定比对模式。

-q T_l_protein.faa #指定参考基因组。

-t ######.fa #指定需要注释的基因组。

--showtargetgff #输出格式为GFF。

--showalignment no #关闭显示比对细节。

我的基因组比较小所以没进行分割。

部分参考：

使用AUGSTUS+Geneid+GeneMark+GeMoMa+GenomeThreader+Exonerate进行基因结构预测 - 知乎 (zhihu.com)

Sunday1016
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