GeneMark-ES/ET/EP的安装

首先看一下官网的GeneMark的说明他有好几个专用版本，例如GeneMark-ES，GeneMarkS，MetaGeneMark，GeneMark.hmm with Heuristic Models，GeneMark.hmm Prokaryotic，GeneMark.hmm Eukaryotic，GeneMark。不知道用哪个软件作者已经做了说明，详情参考：GeneMark: Background (gatech.edu)http://topaz.gatech.edu/GeneMark/background.html

需要哪个下载哪个，我的样品是真核的刚开始看文章用了GeneMark.hmm，下载后发现库很少，后来发现GeneMark-ES里面也有GeneMark.hmm。本文安装的是GeneMark-ES/ET/EP，其他的安装过程也差不多，详细参考压缩包中INSALL。

$tar -xvzf gmes_linux_64_4.tar.gz

解压下载的安装包

$conda install perl 

安装perl

$which perl

读取perl位置 

$~/change_path_in_perl_scripts.pl /path/

定义perl位置

$gunzip gm_key.gz

$cp gm_key ~/.gm_key

安装秘钥

$~/check_install.bash

检测安装完整性

如显示

Checking GeneMark-ES installation
Checking Perl setup
All required Perl modules were found
Checking GeneMark.hmm setup
GeneMark.hmm was found
GeneMark.hmm is set
GeneMark.hmm is executable
Performing GeneMark.hmm test run
All required components for GeneMark-ES were found

恭喜  安装成功

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我在这里报错缺少perl library

$~/check_install.bash

检测安装完整性

perl -MCPAN -e shell

install YAML
install Hash::Merge
install Parallel::ForkManager
install MCE::Mutex
install Thread::Queue
install threads
install Math::Utils

调用perl的cpan安装是最方便的，安装这几个库。

$~/check_install.bash

 这里如果库都安装好他会开始运行一次自带的tests，运行结束后显示成功。

本文参考：

GeneMark gene prediction (gatech.edu)

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加一个我的预测命令

$gmes_petap.pl --sequence ############.fa --ES --cores 4 --v --format GFF3