基因组结构注释碰到的几个问题

23.11.29

1.基因组结构预测中，对自己的物种进行结构的同源和从头预测应该使用屏蔽还是不屏蔽重复序列的基因组？

2.同一软件多个近源物种对自己基因组进行同源注释，如何进行整合，我所使用的结构注释整合软件是EVidenceModeler？

3.可不可以用近缘物种的转录组数据对自己的物种使用PASA进行注释？

4.怎么评价基因组注释的质量。如何提高注释质量。基于同源注释和从头注释对于样品共注释出8000个基因，近缘物种都在14000左右，这个注释水平是否正常？

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上面几个问题解决了  

1应该使用屏蔽的

2暂无好的方法，更改支持输入多个近缘物种同源注释软件进行注释。

3理论上可以

4暂无较好评价方式，可以进一步进行家族分析以此评估

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23.12.28

问题

1使用流程软件BRAKER3等软件，与单独使用流程软件调用各软件进行注释，会有什么差异么？