TODAIZHANG的博客

原创 弥散张量成像之DTI简介

概述弥散张量成像（DTI）是一种定量分析的 MRI 技术，其基础理论是水分子的布朗运动。在均匀介质和人体组织中，水分子的弥散形式各不一样，在均匀介质中表现为各向同性（isotropy）扩散，沿各个方向扩散的概率一样。而在人体组织中，各种成分组织的密度不一样，朝各个方向扩散受到的阻碍也不一样，表现为各向异性（anisotropy）扩散，具有方向依赖性，例如在大脑白质中，由于各种走向的神经纤维束的存...

原创 R语言常用命令

R语言常用命令1， getwd()： 查询当前工作目录；2， setwd()： 设定当前工作目录；

原创 freesurfer recon-all命令

1, 过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时，可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。2, 该操作是十分耗时的，进行一例nii数据的脑区分割需要8小时左右，具体时间视配置有所改变。在完成分割之后，即可通过可视化软件如FreeView来进行结果查看。这里，我们的目标是使用python来获取各个脑区的Mask，首先，看一下各个脑区对应的索引，该数据保存在$FREESURFE

原创 科研写作长难句

1，Thus, although ‘top-down’ sources of bias are sometimes defined as those that are not due to physical salience, this conception conflates distinct – and sometimes contradictory – sources of selection bias.因此，尽管“自上而下”的偏差来源有时被定义为那些并非物理突出的部分，这个概念混合了不同的（有时是

原创 linux使用expect自动输入密码

#! /bin/cshset Source_dir=/nfs/m1/hcpset Target_dir=/srv/data/HCPforeach sub_id (`awk '{print}' ./subjectsID.txt`) echo ${sub_id} expect copyHCP131subjects_rsync.exp ${sub_id}end#/bin/bash/expectset Source_dir /nfs/m1/hcpset Target_

原创 windows10 批处理命令实例

批量解压.gz文件@echo offset "rar=C:\Program Files (x86)\WinRAR\WinRAR.exe"set "dataDir=D:\work program\NSP attention\NEW\matlab_code\ExpResting\ADHD200\adhd200"cd %dataDir%for /D %%a in (Peking*) do ( echo Now unziping %%a cd %dataDir%\%%a\%%a_1\rest_1\NI

原创 CSHELL常用功能实例 (csh截取字符串并赋值)

set TargetDir=/nfs/s2/userhome/zhouke/NSP_attention/ExpTask# FA partcd ${TargetDir}if (! -d Just1Frame_FA ) then mkdir Just1Frame_FAendifcd ${TargetDir}/Just1Frameforeach FileName (*FA_nosmooth.nii.gz) set subjectID=`echo $FileName|cut -c 1-5` e

原创 主成分分析与探索性因素分析

原创 Steiger‘s z test

如果比较X,Y的相关系数在两个population间是不是有显著差异：Z=(Z1-Z2)/sqrt[1/(N1-3)+1/(N2-3)]如果是比较XZ的相关系数与YZ的相关系数是不是有显著差异：t=(Rxz-Ryz)Sqrt[(N-3)(1+Rxy)/(2(1-Rxy2-rxz2-ryz^2+2RxyRxzRyz))] ~ df=N-3...

原创 matlab画直方图实例

一个bar函数的实例figure(3);[counts,centers] = hist(behav_vec);bar(centers,counts);xlim([0.05 0.48]);xlabel(['Weber fraction (\itw)']);ylabel(['Number of subjects']);h = findobj(gca,'Type','bar');h.FaceColor = [0 0.6 0.9];效果

原创 原理驱动型研究及假设驱动型研究

原理驱动型研究及假设驱动型研究任何一门学科从诞生到完善，都会经历一个由浅入深的发展过程。这符合一切事物的普遍发展规律。一般而言，某学科的初期研究一般是从大量的实验现象的观测和罗列开始的。此时，研究者对整个学科的认识缺少系统性的认识，不同研究者只是在各自的研究角度发现各种自然现象，这些现象间很可能存在冲突。研究者们似乎都在盲人摸象，而单个研究者的认识往往离“大象”的本来面目相去甚远。这一时期的科学研究被称为假设驱动（Hypothesis Driven）型研究，即通过若干实验现象来验证某一个科学假设。此时

原创 AFNI 常用命令实例

AFNI 常用命令实例1. dtifit计算FA值#! /bin/cshset DATA_dir=/nfs/m1/hcpset target_dir=/nfs/s2/userhome/zhouke/SubcortexSegmentationforeach sub_id (`awk '{print}' /nfs/s2/userhome/zhouke/SubcortexSegmentation/subjectList.txt`) cd ${target_dir} echo ${sub

原创 fMRI快速事件相关实验设计之自动生成事件序列optseq2

optseq2OptSeq2是freesurfer软件附带的快速事件相关实验的事件序列生成命令。该命令包含7个主要参数，如下所示：1， TR (--tr)2， Number of timepoints (--ntp) 总时间点数目3， Range of allowable ISIs (--PSDwin) 两个事件之间的事件间隔，psdwin psdmin4， Event definitions (--ev) 事件定义，包括：事件名称、持续事件和重复次数5， How long to simulat

原创 Psychtoolbox工具绘图实例

Screen（‘DrawTexture’）Screen('DrawTexture', windowPointer, texturePointer [,sourceRect] [,destinationRect] [,rotationAngle] [, filterMode] [, globalAlpha] [, modulateColor] [, textureShader] [, specialFlags] [, auxParameters]);Usage:Draw the texture spe

原创 冯·米塞斯迭代法（Von Mises iteration）

冯·米塞斯迭代法冯·米塞斯迭代（Von Mises iteration）用于求解矩阵AAA最大特征值对应的特征向量（Av=λvAv=\lambda vAv=λv）。冯·米塞斯迭代也被称作，阶乘迭代法（Power iteration）。计算过程假设矩阵AAA具有特征值λ\lambdaλ，严格大于其他特征值，且向量b0b_0b0​与在最大特征值对应的特征向量方向上具有非零分量（即与该特征向量不正交）。根据迭代公式，计算bkb_kbk​：最终，bkb_kbk​将收敛到最大特征值对应的特征向量。证明过程

原创 matlab制作gif表情

先看效果变换前的静止图：变换后：matlab实现clear all; clc; close all;img = imread('orig_img.bmp');img = imresize(img, [124 124]);center = [64,50];count = 1;for p = 1:-0.1:0.6 x_low = 50*(1-p)+1; x_...

原创 弥散张量成像之张量估计方法

弥散张量估计理论Stejskal方程描绘了磁场梯度向量(magnetic-field-gradient vector)与回波图象强度(echo intensity)之间的函数关系。Stejskal方程：磁场梯度向量：磁场梯度的积分：回波强度：其中，γ\gammaγ为质子旋磁比，A(0)为无磁场梯度施加下的回波强度，H(t)为单位阶跃函数（Heaviside function），TE...

原创 Python 常用语法 tips

zip() 函数功能：zip() 函数用于将可迭代的对象作为参数，将对象中对应的元素打包成一个个元组，然后返回由这些元组组成的列表。如果各个迭代器的元素个数不一致，则返回列表长度与最短的对象相同，利用 * 号操作符，可以将元组解压为列表。实例：>>> a = [1,2,3]>>> b = [4,5,6]>>> c = [4,5,6,7...

原创 弥散峰度成像DKI简介

弥散峰度成像DTI 的理论基础是假设生物组织内水分子扩散为高斯随机分布的，因此可以显示结构较统一的白质。但实际上脑组织中水分子的扩散是非高斯分布的，尤其是对于高度复杂的脑灰质结构。由 Jensen JH 等提出的 DKI 模型可以解决这个问题，该模型假设生物组织内水分子弥散为非高斯随机分布的，因此能够更好的反映复杂的生物组织结构 [1,2]。DKI 的主要参数除了 DTI 参数外还包括平均弥散峰...

原创 神经⽹络与深度学习 课后练习答案手工版（持续更新ing）

Q1: 假设我们把⼀个感知器⽹络中的所有权重和偏置乘以⼀个正的常数，c > 0。证明⽹络的⾏为并没有改变。Q2: 假设我们有上题中相同的设置 —— ⼀个感知器⽹络。同样假设所有输⼊被选中。我们不需要实际的输⼊值，仅仅需要固定这些输⼊。假设对于⽹络中任何特定感知器的输⼊ x，权重和偏置遵循 w · x + b = 0。现在⽤ S 型神经元替换所有⽹络中的感知器，并且把权重和偏置乘以⼀个正的...

原创 matlab实例之3维图像连通性分析

bwlabeln函数bwlabeln - Label connected components in binary imageThis MATLAB function returns a label matrix, L, containing labels for theconnected components in BW.L = bwlabeln(BW)L = bwlabeln(BW...

原创 linux检查cuda是否可用

import torchtorch.device("cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu"）

原创 Recon-all命令实例

recon-all 命令# 修改环境变量 SUBJECTS_DIRexport SUBJECTS_DIR=/nfs/s2/userhome/zhou/MAI/recon-all -s MZX_reconAll -i ${Source_dir}/data.anat/T1_biascorr_brain.nii.gz -all输出平面类型...

原创 FSL之t1结构像预处理命令fsl_anat

pipeline主要步骤The stages in the pipeline (in order) are:1 reorient the images to the standard (MNI) orientation [fslreorient2std]2 automatically crop the image [robustfov]3 bias-field correction (RF...

原创 脑结构网络连接组是是什么？

脑结构网络人脑结构连接网络的研究是神经科学中的一个极其重要的课题. 长久以来, 科学家们致力于从单个神经元到大脑脑区等不同的空间尺度上研究人脑结构的特征, 但由于缺少合适的无创性实验手段, 人脑结构连接组的研究进展缓慢. 而对低等动物和哺乳动物大脑结构网络的研究, 却因神经生物实验方法的广泛应用而取得了一些非常重要的成果.构建大脑结构网络关键的两步: 一是如何定义网络节点; 二是如何定义网络连...

原创 CSHELL常用功能实例 (CSHELL逐行读txt文件)

1，对指定目录下所有文件夹进行循环#! /bin/cshset Source_dir=/nfs/m1/S1200set Target_dir=/nfs/m1/hcpforeach S1200_id (1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12)cd ${Source_dir}-${S1200_id} foreach sub_id (*) if (-d ${sub_i...