从 ADNI 的 XML 文件中读取临床信息

本文配合手把手式介绍 ADNI 影像数据下载使用。

仅给出了如下读取XML文件中的project和subject信息的部分代码，读取其他内容采用一样的写法即可。

只适合自己批量读取一下XML文件，所以凑合看即可。

可以循环遍历所有subject的XML文件，每次调用一下以下函数，然后存到一个list中，再用pandas保存到csv中。

代码如下：

def rxml(file):
    DOMTree = xml.dom.minidom.parse(file)
    root = DOMTree.documentElement

    # project
    project = root.getElementsByTagName("project")
    proID = project[0].getElementsByTagName("projectIdentifier")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("projectIdentifier")) else ""
    ProDes = project[0].getElementsByTagName("projectDescription")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("projectDescription")) else ""
    site = project[0].getElementsByTagName("siteKey")[0].childNodes[0].data if len(project[0].getElementsByTagName("siteKey")) else ""

    # subject
    subject = project[0].getElementsByTagName("subject")
    subID = subject[0].getElementsByTagName("subjectIdentifier")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("subjectIdentifier")) else ""
    group = subject[0].getElementsByTagName("researchGroup")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("researchGroup")) else ""
    sex = subject[0].getElementsByTagName("subjectSex")[0].childNodes[0].data if len(subject[0].getElementsByTagName("subjectSex")) else ""
    
        return proID, ProDes, site, subID, group, sex