UCSC GenePred 格式

手动抄写自B站

genPred格式是table分割的，在Genome Browser中用于记录基因预测信息的常用形式。常见的genePred及变种对应如下：

Gene Predictions

table genePred
"A gene prediction."
(
string name:				"Name of gene" //基因名称
string chrom:				"Chromosome name" //染色体名称
char[1] strand:				"+ or - for strand" //正负链信息
uint txStart:				"Transcription start position" //转录起始位点
uint txEnd:					"Transcription end position" //转录终止位点
uint cdsStart:				"Coding region start" //编码区起始位点
uint cdsEnd:				"Coding region end" //编码区终止位点
uint exonCount:				"Number of exons" //外显子数量
uint[exonCount] exonStarts:	"Exon start positions" //外显子起始位点
uint[exonCount] exonEnds:	"Exon end positions" //外显子终止位点
)

Gene Predictions（Extended）

table genePred
"A gene prediction."
(
string name:				"Name of gene (usually transcript_id from GTF)" //基因名称，通常是GTF中的转录本ID
string chrom:				"Chromosome name" //染色体名称
char[1] strand:				"+ or - for strand" //正负链信息
uint txStart:				"Transcription start position" //转录起始位点
uint txEnd:					"Transcription end position" //转录终止位点
uint cdsStart:				"Coding region start" //编码区起始位点
uint cdsEnd:				"Coding region end" //编码区终止位点
uint exonCount:				"Number of exons" //外显子数量
uint[exonCount] exonStarts:	"Exon start positions" //外显子起始位点
uint[exonCount] exonEnds:	"Exon end positions" //外显子终止位点
int score:					"Score" //得分
string name2:				"Alternate name"(e.g. gene_id from GTF) //别名，一般是GTF中的Gene ID
string cdsStartStat:		"Status of CDS start annotation (none, unknown, incomlete, or complete)" //CDS起始位点注释信息，包括没有，未知，完整和不完整
string cdsEndStat:			"Status of CDS end annotation (none, unknown, incomlete, or complete)" //CDS终止位点注释信息，包括没有，未知，完整和不完整
IstringexonFrames:			"Exon frame offsets [0,1,2]" //外显子框架位置
)

Gene Predictions and RefSeq Genes with Gene Names

在该模式下，如果存在可变剪切，则每个转录本一行

table genePred
"A gene prediction."
(
string geneName:			"Name of gene as it appears in Genome Browser." //Genome Browser 中的基因名称
string name:				"Name of gene" //基因名称
string chrom:				"Chromosome name" //染色体名称
char[1] strand:				"+ or - for strand" //正负链信息
uint txStart:				"Transcription start position" //转录起始位点
uint txEnd:					"Transcription end position" //转录终止位点
uint cdsStart:				"Coding region start" //编码区起始位点
uint cdsEnd:				"Coding region end" //编码区终止位点
uint exonCount:				"Number of exons" //外显子数量
uint[exonCount] exonStarts:	"Exon start positions" //外显子起始位点
uint[exonCount] exonEnds:	"Exon end positions" //外显子终止位点
)

转自：
https://www.bilibili.com/read/cv7613234/