fMRI预处理工具

fMRI预处理工具

按照之前文章的介绍，该部分将主要介绍SPM与DPABI的处理流程，希望可以方便大家的学习。

	SPM	DPABI
优点	便于了解数据处理的工作原理	简单，可执行批处理，任意中断处都可以开始
缺点	产生较大的数据量	没有缺点诶

SPM

界面介绍

1. 数据预处理窗口
2. 统计处理窗口
3. 小工具窗口
4. 处理执行过程界面
5. 图形界面

处理过程

参见

1. SPM入门案例1；
2. SPM入门案例2；
3. SPM入门案例3.

DPABI

界面介绍

1. Command命令行打开DPAB|

2. 点击 DPARSF4.5
3. 选择 DPARSF Advanced Edition， 处理界面如下

处理过程

数据导入

由于DPABI是批处理话执行，操作过程如下图所示。

1. 首先将模板更换为一个Blank Template
2. 其次选择文件存储路径
3. 然后查看扫描信息Excel文件或者通过使用MRIcron.exe程序，查看影像数据的具体信息，可以获得Slice number以及Time points的个数。
4. 填入Starting Directory Name，文件夹的名字可以任意取，不过推荐命名为FunRaw，该文件夹见名知意，存储的是原始的DICOM数据文件。输入文件名之后，点击回车按钮，在Participants自动弹出参与被试的文件。注意：FunRaw文件夹中必须包含不同Session的DICOM文件
5. 在导入Participants的环节中除了将这个FunRaw文件夹中的所有被试导入，还可以将指定的被试导入。
   
6. 在前面操作的基础上，创建指定导入处理的被试文件夹编号或者名称的(txt)文件，然后选择Load participant ID from a text file
   
   注意DPARSFA数据导入基本原则

• 如果是原始DICOM数据，需要在根目录下建立FunRaw文件夹， 里面存放$Su{b}_1,Su{b}_2,\dots ,Su{b}_n$等包含每个被试，在每个文件夹里 面存放相应的DICOM数据。如果是转化后的nii(或hdr/img或nii.gz)格式的数据，可以在根 目录下建立FunImg文件夹，里面存放 $Su{b}_1,Su{b}_2,\dots ,Su{b}_n$等包含 每个被试, 在每个文件夹里面存放相应的转换后的数据；或者可以 随意取名（即文件夹不写为FunImg），只需在DPARSFA界面的右下角把Starting directory name改为相应的文件夹名字。
• 如果是处理到某一步（同样使用DPARSFA处理，比如已经完 realign）的中间数据，需要在Starting directory name改为相应的名称（ FunImgAR）。如果使用DPARSFA处理功能像的同时也加入结构像，需要建 立T1Raw文件夹。如果是转换后的数据，则需要建立T1Img文件夹 （不能是其他名字）。
• Tips:
  ①先设置好matlab的工作路径；
  ②Working directory是FunRaw文件夹的上一级；
  ③文件夹名字不能有中文和空格（路径中也不能有）；
  ④FunRaw, T1Raw区分大小写；
  ⑤FunRaw, T1Raw文件夹里面对应的被试名字要一样；
  ⑥FunRaw, T1Raw文件夹里面被试数量要一样
  

预处理阶段

根据，最终想要获得的解算指标进行操作勾选，并且每一步的先后顺序不可进行交换。

文件名称

该程序会根据用户选择执行的阶段，分别分成多个文件夹，如果报错不必从头开始执行，只需从发生错误的文件夹开始执行即可。

执行过程

下图是一个标准的处理过程，根据前面所提供的操作步骤进行勾选即可

1. EPI DICOM to NIFTI：是将DICOM数据转化为NIFTI,nii格式。
2. Removing time points：去除的数量是情况而定，如果本身Time points数量过少不能去除太多，一般是选择5或者10个的Time points数据
3. 后面的操作的勾选，具体可以结合不同的文献以及目标即可。
4. 点击Run即可，如果报错，会在Matlab command界面提示，并且需要关闭处理窗口重新点击DPARSF Advanced Edition，从中断处的位置开始执行

注意

1. 如果从转换数据开始，上图能为大家很好的提供指导，但是如果在某一个阶段报错，需要重新开始那么，要修改$Time$ $points$ 的数据，修改的具体规则是，新的$Time$ $points=旧Time$ $points-Removing$ $time$ $points$。
   举例说明:如果每个被试有95个Time points 的数据，Remove time points 的个数为5，那么从任意中断的文件夹开始，应该填入的time points的数量为90，而不是95，否则会报错，SPM中需要手动丢弃数据，很不方便，DPABI中只要输入具体的数据即可对所有的被试执行相同的操作
2. 如何去除因头动而产生的数据呢？
   我通常会去除超过$3.0mm$ translation 以及 $3°$ rotation，在SPM中的Realign中会生成如下图所示，通过观察法进行手动去除数据。

而在DPABI处理过程中，会在生成RealignParameter文件夹，该文件夹中包含着头动数据，打开ExcludeSubjectsAccordingToMaxHeadMotion.txt该文件中提供了对于不同选择标准办法的排除被试的名单，图中分别表明是在translation， rotation不同规格的名单

3. 如何加速处理呢？
左下角Paraller workers，根据自己电脑的性能选择并行执行的数量

这一部分的内容就到此结束啦~欢迎各位批评指正！
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