FVCOM离线拉格朗日配置

离线拉格朗日配置

可以在PML GitLab中找到该代码。调整makefile以指向您的netCDF库路径，并使用编译代码make。输出文件称为ptraj。

注意：代码没有并行化，因此运行缓慢且仅在单个内核上运行。

模型设置

模型配置由文件控制casename_run.dat。下面给出一个例子。

!=========================================================================================!
! INPUT FILE FOR PARAMETERS CONTROLLING EXECUTION OF OFF-LINE PARTICLE TRACKING           !
! DESCRIPTION OF VARIABLES AND SUGGESTED PARAMETERS CAN BE FOUND AT BOTTOM                !
!                                                                                         !
!        FORMAT:                                                                          !
!       1.) VARIABLE  = VALUE  (EQUAL SIGN MUST BE USED)                                  !
!       2.) FLOATING POINT VARIABLES MUST CONTAIN A PERIOD "." EX: 1.3, 2.,etc            !
!       3.) BLANK LINES ARE IGNORED AS ARE LINES BEGINNING WITH ! (F90 COMMENT)           !
!       4.) COMMENTS CAN FOLLOW VALUES IF MARKED BY !                                     !
!       5.) ORDER OF VARIABLES IS NOT IMPORTANT                                           !
!       6.) FOR MULTIPLE VALUE VARIABLES FIRST ENTRY IS NUMBER OF VARIABLES               !
!           TO FOLLOW (OR 0 IF NONE)                                                      !
!       7.) DO NOT USE COMMAS TO SEPARATE VARIABLES                                       !
!       8.) DO NOT EXCEED EIGHTY CHARACTERS PER LINE                                      !
!       9.) FOR LINE CONTINUATION ADD \\ TO END OF LINE TO FORCE CONTINUE                 !
!           TO NEXT LINE.  MAXIMUM 4 CONTINUATIONS                                        !
!       10.) TRUE = T, FALSE = F                                                          !
!                                                                                         !    
!=========================================================================================!

!=========Parameters Controlling Time Integration==========================================

DTI      = 120.0 ! Time step for scheme resolution. mod(INSTP/DTI) should be 0
INSTP    = 3600  ! INPUT time step (s).
DTOUT    = 1     ! output time step in hour
TDRIFT   = 720 !480 !720 ! Drift duration (hour)

!=========Parameters Controlling Starting Tracking Date====================================

YEARLAG   = 1995 ! Year of tracking start
MONTHLAG  = 1    ! Month of tracking start
DAYLAG    = 1    ! Day of tracking start
HOURLAG   = 0    ! Hour of tracking start

!=========Parameters Controlling Input/Output LOCATION=====================================

INPDIR   = INPDIR
GEOAREA  = tst
OUTDIR   = OUTDIR_tst
INFOFILE = screen
LAGINI   = particle_tst   ! Input file with particle location
METRICS  = tst            ! Prefix for the grid metrics netCDF file (saved in OUTDIR)

!=========Parameters Controlling SIGMA/CARTESIAN===========================================

F_DEPTH  = F              ! Cartesian depth is kept constant if T.
P_SIGMA  = F              ! Input particle depth in sigma if T.
OUT_SIGMA  = F            ! Output particle depth in sigma if T.

!=========Parameters Controlling Random Walk===============================================

IRW   = 0   ! IRW (0-w/o rw; 1-hor rw; 2-vert rw; 3:hor+vert rw)
DHOR  = 20. ! DHOR (horizontal diff coeff m^2/s, miller 10^6m^2/day~11.57m^2/s)
DTRW  = 6.  ! time step (s) for RW (from the visser's criterion). mod(DTI/DTRW) should be 0

值得注意的参数是YEARLAG，MONTHLAG，DAYLAG和HOURLAG确定何时粒子追踪应该开始。尽管YEARLAG在此控制文件中进行了定义，但是源代码当前具有年份的硬编码值，因此您将需要offlag.f90在第45行和第46行进行编辑以使用正确的年份进行模型运行。

LAGINI 是包含初始粒子位置的文件。

GEOAREAcasename与FVCOM手册中的等效。您的.dat文件必须被调用GEOAREA_run.dat（即casename_run.dat）。

设置INPDIR和OUTDIR值以反映您从FVCOM模型运行中获得的输入和输出目录。每年的输出文件必须在目录中。模型输出文件的命名必须为casename_####.nc####是从0001开始的数字。

    INPDIR/YEARLAG/casename_0001.nc
    INPDIR/YEARLAG/casename_0002.nc
    ...
    INPDIR/YEARLAG/casename_000n.nc

可以在此处找到将每月模型输出文件分割为一天的单个文件的脚本。

INFOFILE是screen将运行时信息输出到标准输出（即到终端）或文件名。

网格指标

如果您使用的是离线拉格朗日代码的medusa-v3.1.0-LAG分支，则必须在该Parameters Controlling Input/Output LOCATION部分中添加一个额外的参数：

    !=========Parameters Controlling Input/Output LOCATION=====================================
    
    INPDIR   = INPDIR
    GEOAREA  = tst
    OUTDIR   = OUTDIR_tst
    INFOFILE = screen
    LAGINI   = particle_tst   ! Input file with particle location
    METRICS  = tst            ! Prefix for the grid metrics netCDF file (saved in OUTDIR)

该METRICS参数控制网格度量的文件名。此netCDF文件包含平移粒子所需的网格度量。如果网格很复杂，这可能是一个耗时的操作，因此将这些输出保存为连续运行可以节省大量时间。

它的工作方式是，如果输入目录中不存在该文件，则将计算网格度量并将其保存到tst_metrics.nc上例中命名的netCDF文件中（更改METRICS以更改前缀）。首次运行生成文件后，如果将其移入输入目录（INPDIR/YEARLAG），则连续运行都可以使用它。

FVCOM模型输出文件

离线代码需要模型输出，其中包含以下变量：

变量名	长名	外型尺寸	单位
X	节点x坐标	节点	米
ÿ	节点y坐标	节点	米
nv	元素周围的节点	三，尼尔	–
H	测深法	节点	米
西格列夫	西格玛水平	siglev，节点	–
a1u	a1u	三，尼尔	–
a2u	a2u	三，尼尔	–
w0	w0	三，尼尔	–
awx	awx	三，尼尔	–
wy	wy	三，尼尔	–
时间	时间	时间	自1858-11-17 00:00:00以来的天数
泽塔	水面高程	时间，节点	米
ü	东风速	时间西格莱奈尔	毫秒-1
v	北方水速	时间西格莱奈尔	毫秒-1
欧米茄	垂直Sigma坐标速度	时间，siglev，节点	s -1
公里	动量的涡流粘度	时间，siglev，节点	m 2 s -1

注意：不支持球坐标，因此您将不得不以笛卡尔形式运行原始模型，或者FLAG_6 = -DPROJ在编译FVCOM时启用（随后PROJECTION_REFERENCE在casename_run.nml文件中进行设置）。

注意：您的FVCOM模型输出必须是整天的块。粒子跟踪只会读取给出的任何结果文件的前24小时。可以在此处找到将每月模型输出文件分割为一天的单个文件的脚本。

离线输入粒子定义文件

脱机代码仅需要一个文件即可定义粒子的释放位置。下面是一个示例：

3
1 510876 6555485 5.0
2 500064 6563972 0.0
3 530350 6561007 10.0

第一行定义了要跟踪的粒子数（这是通过offlag.f90中的DO循环读取的，因此，如果位置列表很长，但只希望使用前几个位置，请将标头号设置为希望阅读，保留列表中定义的其余点；代码将忽略它们）。

每个点的定义是ID XPOS YPOS DEPTH深度为正向下。设置此文件的名称以匹配文件中的LAGINI值casename_run.dat。