调整fasta序列格式,删除回车
我傻了。。。
之前碰到fasta文件序列不是整行,带回车,我就会mega打开再输出来删除回车。
这次要转很多文件就傻了
然后意识到直接在R里输入再输出就好了。不拘于用什么包。
library(ape)
for (i in k) {
fileinput = paste0("ONGOING_mafft_",i,".fasta")
fileoutput = paste0("ONGOING_mafft_check_",i,".fasta")
ongoing = read.FASTA(fileinput)
write.FASTA(ongoing,fileoutput)
}
关于调整数字的有效数字长度(数字有效位?还是怎么叫的来着。。)
就是把0,1,2变成00,01,02
k = seq(0,27)
k = sprintf('%02d', k) #两位数