关于umap和tsne选哪一个

 上面是我自己跑出来的图

 R语言单细胞分析1 数据下载整理和聚类_哔哩哔哩_bilibili

听到了以下讲解

可以看到umap很多空白都没利用起来，很多细胞群叠在一块，没有办法看到细胞之间分的怎么样。tsne的分群效果明显优于umap。

如果数据非常大，比如有4，5以及十几个样本合并，那么我们可以选择umap。因为数据比较大，降维过程电脑运行比较慢，带不动。如果是小样本量，建议选择tsne。

我这次分析的是3个，看图也感觉umap比较好。