ubuntu下安装rosetta的记录

notes:下载的时候尽量在过夜下载或者在win下下载， ubuntu解包如果错误就重新下载
下载pymol时出现RPC failed;curl 18 。。。就在下载命后加–depth 1;还不行就扩大以下git的缓冲区git config http.postBuffer 524288000
pyrosetta安装时出现无法from distutils import 时就重新安装python3-dev
虚拟机玩坏了卡在started user manager uid 121时，建议重装桌面系统gnm或者直接安装tty1，从此使用命令行；如果卡在了smbus，把前面那串代码禁了，一般是i2c_piix4，写进/etc/modprobe.d/blacklist.conf

1. 下载
   官网https://www.rosettacommons.org，进入software找到Lisence and Download，选择下载的版本，此处选择Rosetta；建议通过注册获得账号密码，虽然都是通用的，Rosetta的academic download的账号密码是Academic_User : Xry3x4 ；PyRosetta的academic download账号密码是 levinthal : paradox。进去之后一般选稳定版本，而不是周更版本，pyrosetta请下载跟系统python对应的版本，最好在python3.6以上。此文默认下载source。
   下载方式可以选择浏览器下载，或者例如git clone https://levinthal:paradox@graylab.jhu.edu/download/PyRosetta4/git/release/PyRosetta4.Release.python27.mac.release.git，或通过conda安装。ubuntu自带的火狐下载速度较慢，一般需过夜下载，可尝试谷歌浏览器。
2. 解压
   mkdir /home/your user name/rosetta //在你的用户目录下创建新的文件夹
   tar –zxvf Rosetta[版本].tar.gz /home/your user name/rosetta //解压至你创建的文件夹
3. 配置
   MPI的配置（用于并行运算）
   cd /home/your user name/
   wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.4.tar.gz
   tar –zxvf openmpi-4.0.4.tar.gz
   cd openmpi-4.0.4.tar.gz/ && ./configure
   make install
   export PATH=/home/your user name/openmpi-4.0.4.tar.gz/bin:$PATH

Rosetta配置
vi ~/.bashrc
按a键，添加以下内容：
export ROSETTA=/home/your usr name/rosetta/rosetta_src_[按实际输入]bundle
export ROSETTA3_DB= R O