Ubuntu配置Rosetta安装教程

转自：http://how2rosetta.cn/?article=ubuntu-desktop%e4%b8%8b%e9%85%8d%e7%bd%aerosetta%e5%ae%89%e8%a3%85%e6%95%99%e7%a8%8b

Rosetta下载

Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本（Weekly Release）,由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能，强烈建议下载此版本的源码。

Go to: https://www.rosettacommons.org/software/academic/

附上百度云(非最新版本，仅供网络较差的同学们使用):

PyRosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1YUm3JZbxSi9Urwiw--1dJw 密码:09bt

Rosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1tZcZ5mmXCALdffDSCm2fkw 密码:z5oh

Rosetta的安装

最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7

1.BOOST&Python2.7.15

Ubuntu18的库比较完善，只需要额外安装boost-dev即可。

sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt install pythonCOPY

2. 编译器的选择

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，Ubuntu18自带gcc-7, 完全可以编译通过Rosetta，无需额外配置。如果想要配置Clang编译器也是可以的。由于是新手向安装，默认gcc编译器即可。

3.OPENMPI的编译

openmpi下载地址

tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd /usr/local/openmpi-3.1.0
./configure
make     //对openmpi进行编译
sudo make install    //安装，需要root权限

#配置环境变量
export PATH=/usr/local/openmpi-3.1.0/bin:$PATHCOPY

4.Rosetta的编译与安装

环境bash变量配置：

# 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc

# 添加以下内容
#Rosetta
export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATHCOPY

编译MPI模式版本的Rosetta, 此处以调用40个核编译为例:

tar zxvf rosetta_src_*
cd $ROSETTA/main/source/

# 使用gcc编译:
./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi #gcc，bin目录自动生成，不用自己创建

Enjoy it.