Rosetta下载
Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本(Weekly Release),由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能,强烈建议下载此版本的源码。
Go to: https://www.rosettacommons.org/software/academic/
附上百度云(非最新版本,仅供网络较差的同学们使用):
PyRosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1YUm3JZbxSi9Urwiw--1dJw 密码:09bt
Rosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1tZcZ5mmXCALdffDSCm2fkw 密码:z5oh
Rosetta的安装
最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7
1.BOOST&Python2.7.15
Ubuntu18的库比较完善,只需要额外安装boost-dev即可。
sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt install python
COPY
2. 编译器的选择
最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性,Ubuntu18自带gcc-7, 完全可以编译通过Rosetta,无需额外配置。如果想要配置Clang编译器也是可以的。由于是新手向安装,默认gcc编译器即可。
3.OPENMPI的编译
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
cd /usr/local/openmpi-3.1.0
./configure
make //对openmpi进行编译
sudo make install //安装,需要root权限
#配置环境变量
export PATH=/usr/local/openmpi-3.1.0/bin:$PATH
COPY
4.Rosetta的编译与安装
环境bash变量配置:
# 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc
# 添加以下内容
#Rosetta
export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
COPY
编译MPI模式版本的Rosetta, 此处以调用40个核编译为例:
tar zxvf rosetta_src_*
cd $ROSETTA/main/source/
# 使用gcc编译:
./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi #gcc,bin目录自动生成,不用自己创建
Enjoy it.