RosettaCM使用笔记 Ubuntu 20.04

1. 安装Rosetta
   用到的命令包括
   安装必要依赖和工具：

   apt-get install libboost-dev zlib1g-dev build-essential mpich python2.7 -y
   

   为安装的python2.7添加软链接：

   ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python
   ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python2
   

   下载rosetta并上传至root目录，使用如下命令解压：

   tar -zxvf rosetta_src_xxxxxxxxx_bundle.tgz
   

   添加环境变量：

   vi ~/.bashrc
   

   输入

   #Rosetta
   export ROSETTA=/root/rosetta_src_xxxxxxxx_bundle
   export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
   export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
   export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
   export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
   

   使之生效

   source ~/.bashrc
   

   xxxxxxxx需要根据实际的文件名修改。

   编译命令：

   cd $ROSETTA/main/source/
   ./scons.py -j 16 mode=release bin extras=mpi
   

   2.运行Rosetta_CM
   参考https://blog.csdn.net/DL53SX/article/details/119843761
   Ubuntu命令略有不同

   python $ROSETTA/main/tools/protein_tools/scripts/setup_RosettaCM.py --fasta linam.fasta --alignment linamarase_alignment.fasta --alignment_format fasta --templates 1cbga.pdb 3ptka.pdb 3wq4a.pdb --rosetta_bin $ROSETTA/main/source/bin --platform linux --compiler gcc --build mpi
   

   cd rosetta_cm
   

   screen -dmS cm -L mpirun -np 16 $ROSETTA/main/source/bin/rosetta_scripts.mpi.linuxgccrelease @flags -database $ROSETTA/main/database -nstruct 1000