【DeepDTA+分子对接发现SARS-CoV-2药物】

最新推荐文章于 2024-05-18 22:30:05 发布
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版权

1.数据集dataset

KIBA： 2111药物，229蛋白，118254对相互作用
与DeepDTA 相同的数据集

2. 输入表示

由于用 Bi-LSTM 学习药物的表示，所以用一个结束符 end token去表示SMILES的结束。用CNN学习蛋白表示，所以将FASTA序列的最大长度舍味1000 个字符，截断>1000的, 用0填充 <1000的。

3. 模型

DeepDTA model with Bi-LSTM+CNN使用训练过的模型预测DrugBank 中的药物与24个病毒蛋白的亲和力。

参考文献：
Combined deep learning and molecular docking simulations approach identifies potentially effective FDA approved drugs for repurposing against SARS-CoV-2@Computers in Biology and Medicine 141 (2022) 105049

VictoryZhou_
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