生物信息学
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GTDB-Tk-classify_wf结果输出文件完全解读
解析GTDB-Tk 的 classify_wf 工作流程输出的多个文件内容,包括对微生物基因组的比对、多序列对齐、分类和标记基因的分析结果。原创 2024-09-13 10:10:14 · 514 阅读 · 0 评论 -
Linux中,批量重命名“.fna”文件为“.fa”文件
Linux中,批量重命名“.fna”文件为“.fa”文件——rename命令原创 2024-02-23 12:06:21 · 560 阅读 · 1 评论 -
geNomad输出文件解读
geNomad:识别移动遗传元素——输出文件解读:6个目录文件、6个log原创 2024-02-22 15:56:30 · 1025 阅读 · 1 评论 -
KEGG,COG,Pfam分析的异同点
#知识储备#——KEGG,COG,Pfam分析的异同点原创 2024-02-20 14:08:03 · 1232 阅读 · 1 评论 -
Linux系统下,计算并输出宏组装数据N50/N90值
Linux系统下,计算并输出宏组装数据N50/N90值——bioawk原创 2024-02-19 12:57:04 · 1219 阅读 · 1 评论 -
VIBRANT输出文件完全解读
VIBRANT输出文件共含5个目录、5个单独文件,详细解读原创 2024-01-27 08:00:00 · 2776 阅读 · 1 评论 -
Linux系统下,VIBRANT的安装及配置
ViIBRANT,一款开源的从宏组装数据中识别病毒contig的软件原创 2024-01-26 09:51:17 · 1397 阅读 · 1 评论 -
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
这三个数据类型之间存在层次关系。Reads 是从原始测序数据中获得的,而 Metagenomic Assembly 则是对 Reads 进行更深入的分析和组装得到的结果。Reads 提供了初步的、整体的微生物群落信息,Metagenomic Assembly 提供了更大、更完整的基因组片段,而 Custom MAGs 允许研究者更有针对性地研究特定微生物群体。Custom MAGs 的选择通常基于研究者对微生物群体的特殊关注,可以是生态学上的关注、功能学上的关注,或者是对特定物种的深入研究。原创 2024-01-22 14:48:37 · 763 阅读 · 0 评论 -
Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装、配置与使用方法解读
Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装与环境配置全流程解读,含conda activate报错解决方法原创 2024-01-19 14:26:55 · 1475 阅读 · 4 评论 -
宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件,数据结果表现优秀——共输出5个文件夹及14个单独的文件,transcripts.fasta是主要结果文件。原创 2024-01-18 11:07:25 · 1348 阅读 · 1 评论 -
宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读
宏数据组装软件mataSPAdes输出文件解读——共7个文件夹和16个单独文件,scaffolds.fasta是最终组装结果原创 2024-01-16 10:24:27 · 1914 阅读 · 2 评论 -
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
linux系统中将.fastq文件统一改为.fq文件——使用rename和mv循环原创 2024-01-15 09:47:37 · 742 阅读 · 0 评论