#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#
在 Linux 系统中,你可以使用 rename
命令或者 mv
命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法:
方法一. 使用rename命令:
#rename
rename 's/\.fastq$/.fq/' *.fastq
这个命令将把当前目录下所有以 .fastq
结尾的文件的后缀修改为 .fq
。
方法二. 使用 mv
命令:
for file in *.fastq; do mv "$file" "${file%.fastq}.fq"; done
详细解释一下这个命令:
-
for file in *.fastq; do ...; done
:for file in *.fastq
部分是一个循环结构。它意味着“对于当前目录下所有以.fastq
结尾的文件,依次执行下面的操作”。do
表示循环的开始,done
表示循环的结束。
-
mv "$file" "${file%.fastq}.fq"
:mv
是移动(或重命名)文件的命令。"$file"
表示当前循环的文件名,由*.fastq
匹配到的每个文件。"${file%.fastq}.fq"
是一个在 Bash shell 中用于截取字符串的技巧。这部分的意思是:“取出文件名中最右边的.fastq
,然后在末尾加上.fq
”。${file%.fastq}
表示去掉文件名最右边的.fastq
,$
表示取变量的值。
综合起来,整个命令的作用是,对于当前目录下所有以.fastq
结尾的文件,逐一进行如下操作:
- 使用
mv
命令将文件从原来的名字($file
)重命名为去掉.fastq
后缀的名字(${file%.fastq}.fq
)。
这个命令实现了将当前目录下所有 .fastq
后缀的文件批量重命名为 .fq
后缀。这对于文件格式转换或统一后缀非常有用。在理解和使用这些命令时,请确保在操作之前备份文件,以免误操作导致数据丢失。