【SimpleITK 学习笔记】01安装与图像读写

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SimpleITK 官网
SimpleITK Jupyter notebook 教程

SimpleITK安装

pip install SimpleITK

其他安装方式 ，测试安装成功

import SimpleITK as sitk
print(sitk.Version())

Output:

SimpleITK Version: 2.0.2 (ITK 5.1)
Compiled: Dec  1 2020 22:24:16

外部浏览器切换成 3D Slicer(默认是Fiji)

image_viewer = sitk.ImageViewer()
image_viewer.SetCommand( r'C:\Users\panxuan\AppData\Local\NA-MIC\Slicer 4.11.20210226\Slicer.exe' )
image_viewer.Execute(sitk.ReadImage('../Data/cat.png'))#使用外部浏览器显示图片

Output:

测试 ipywidgets

from ipywidgets import interact
interact(lambda x: x, x=(0,10));

Output:

显示不成功的话 ,关闭 jupyter notebook,在 Anaconda command line prompt 敲击Ctrl+C 两次，然后运行下面代码

jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension

图像的物理坐标

图中圆圈表示像素的中心，像素值假定为像素中心的单位脉冲函数。像素间距(Spacing）是像素中心之间的距离，在各个坐标方向上可以是不同的。图像原点(Origin)是图像中第一个像素的坐标(Pixel Coordinate)。一个像素就是含有数据值的像素中心周围的矩形区域，如右图所示，它可以被认为是图像网格中的一个单元.图像值的线性内插法就是在以这些像素中心为拐点的 Delaunaay 区域中进行的。

像素的类型

sitkUInt8	Unsigned 8 bit integer
sitkInt8	Signed 8 bit integer
sitkUInt16	Unsigned 16 bit integer
sitkInt16	Signed 16 bit integer
sitkUInt32	Unsigned 32 bit integer
sitkInt32	Signed 32 bit integer
sitkUInt64	Unsigned 64 bit integer
sitkInt64	Signed 64 bit integer
sitkFloat32	32 bi