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相关资料
SimpleITK 官网
SimpleITK Jupyter notebook 教程
SimpleITK安装
pip install SimpleITK
其他安装方式 ,测试安装成功
import SimpleITK as sitk
print(sitk.Version())
Output:
SimpleITK Version: 2.0.2 (ITK 5.1)
Compiled: Dec 1 2020 22:24:16
外部浏览器切换成 3D Slicer(默认是Fiji)
image_viewer = sitk.ImageViewer()
image_viewer.SetCommand( r'C:\Users\panxuan\AppData\Local\NA-MIC\Slicer 4.11.20210226\Slicer.exe' )
image_viewer.Execute(sitk.ReadImage('../Data/cat.png'))#使用外部浏览器显示图片
Output:
测试 ipywidgets
from ipywidgets import interact
interact(lambda x: x, x=(0,10));
Output:
显示不成功的话 ,关闭 jupyter notebook,在 Anaconda command line prompt 敲击Ctrl+C 两次,然后运行下面代码
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
图像的物理坐标
图中圆圈表示像素的中心,像素值假定为像素中心的单位脉冲函数。像素间距(Spacing)是像素中心之间的距离,在各个坐标方向上可以是不同的。图像原点(Origin)是图像中第一个像素的坐标(Pixel Coordinate)。一个像素就是含有数据值的像素中心周围的矩形区域,如右图所示,它可以被认为是图像网格中的一个单元.图像值的线性内插法就是在以这些像素中心为拐点的 Delaunaay 区域中进行的。
像素的类型
sitkUInt8 | Unsigned 8 bit integer |
sitkInt8 | Signed 8 bit integer |
sitkUInt16 | Unsigned 16 bit integer |
sitkInt16 | Signed 16 bit integer |
sitkUInt32 | Unsigned 32 bit integer |
sitkInt32 | Signed 32 bit integer |
sitkUInt64 | Unsigned 64 bit integer |
sitkInt64 | Signed 64 bit integer |
sitkFloat32 | 32 bit float |
sitkFloat6 |