生物信息学缘起——linux篇（三）：打包和压缩文件

一个物种的完整测序文件常常有数十G的大小，加上一次实验不止一个样本。这让我们的硬盘显得有些拮据了。好在测序结果属于文本内容，压缩率很高。因此如果我们能够将它打包成压缩文件的话，就能节省七八成的空间。

在linux中，系统自带安装了zip、gzip和bzip2压缩工具。

1、gzip

gzip filename

输入上面这段代码可压缩【filename】文件。

注意，文件压缩后，【cat】命令无法查看文件内容，但是我们仍然可以使用【less】、【zcat】等命令查看文件内容。

2、zip和bzip2

这两个的操作与gzip基本相同，这里不多赘述。

3、文件打包——tar

相比于压缩文件，在linux中更常用的是【tar】命令。【tar】命令可用于打包数个文件，但既然都打包了，就顺便把文件压缩下。所以，打包和压缩这两个动作通常由【tar】一起承包。

tar命令参数	效果
-c	创建新包
-f	指定包名
-r	在原有包里添加新包 （如果包已压缩则无法添加）
-u	更新原有包中的同名文件 （如果包已压缩则无法更新）
-t	列出包中文件
-x	解包
-z	调用gzip打包，以【.gz】为后缀
-j	调用bzip打包，以【.bz2】为后缀
-v	显示打包/解包进程

我们在日常使用时，一般多个参数组合使用。

如：

tar -zcvf character.tar.gz A.txt B.txt C.txt
#把 A.txt B.txt C.txt 这三个文本文件打包压缩并命名为character.tar.gz

tar -zxvf character.tar.gz -C ../Documents/
#调用gzip解包文件，并将解压文件输出至指定目录

创建打包文件名时，在后缀上尽量完整列出是使用什么工具打包和压缩的，方便将来使用。