LDBlockshow报错，Can‘t locate SVG.pm

LDBlockShow安装报错

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使用conda安装了LDBlockShow之后，在使用过程中出现以上报错，提示“Can't locate SVG.pm in @INC xxx /bin/ShowLDSVG line 24”，这个报错的原因是缺少Perl语言的SVG模块，本篇笔记提供一个方法，解决LDBlockShow安装和使用的过程中的问题。

使用conda安装LDBlockshow

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在Linux系统中，先使用conda创建一个新的环境，然后激活环境，运行安装命令。

conda install -c bioconda ldblockshow

## Package Plan ##

  environment location: /home/zhaojiwen/data_HD/miniconda3/envs/GWAS

  added / updated specs:
    - ldblockshow


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ldblockshow-1.40           | pl5262h9a82719_0         105 KB  bioconda
    openssl-3.0.12             |       h7f8727e_0         5.2 MB  http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
    perl-5.26.2                |    h36c2ea0_1008        15.4 MB  http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
    perl-svg-2.84              |          pl526_0          37 KB  bioconda
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        20.8 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  ldblockshow        bioconda/linux-64::ldblockshow-1.40-pl5262h9a82719_0 
  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h36c2ea0_1008 
  perl-svg           bioconda/linux-64::perl-svg-2.84-pl526_0 

The following packages will be UPDATED:

  openssl                                 3.0.11-h7f8727e_2 --> 3.0.12-h7f8727e_0 


Proceed ([y]/n)? 


Downloading and Extracting Packages
                                                                                                                        
Preparing transaction: done                                                                                             
Verifying transaction: done                                                                                             
Executing transaction: done   

安装完成后，可以通过以下命令进行查询，如果显示如下内容，表示安装成功。

$ LDBlockShow 

        Usage: LDBlockShow  -InVCF  <in.vcf.gz>  -OutPut <outPrefix>  -Region  chr1:10000-20000

                -InVCF        <str>      Input SNP VCF Format
                -OutPut       <str>      OutPut File of LD Blocks
                -Region       <str>      In One Region to show LD info svg Figure


                -SeleVar      <int>      Select statistic for deal. 1: D' 2: R^2 3/4:Both [1]
                -SubPop       <str>      SubGroup Sample File List[ALLsample]
                -BlockType    <int>      method to detect Block [beta] [1]
                                         1. Block by PLINK (Gabriel method)
                                         2. Solid Spine of LD RR/D' 3. Blockcut with self-defined RR/D'
                                         4. FixBlock by input blocks files 5. No Block

                -InGWAS       <str>      InPut GWAS Pvalue File(chr site Pvalue)
                -InGFF        <str>      InPut GFF3 file to show Gene CDS and name

                -BlockCut     <float>    'Strong LD' cutoff and ratio for BlockType3[0.85:0.90]
                -FixBlock     <str>      Input fixed block region
                -MerMinSNPNum <int>      merger color grids when SNPnumber over N[50]

                -help                    Show more Parameters and help [hewm2008 v1.40]

使用LDBlockShow遇到报错

刚刚安装完成后，如果直接使用，有可能就会出现“Can't locate SVG.pm in @INC ”报错，需要使用cpan安装SVG模块。

安装CPAN

如果系统中没有安装perl和cpan，需要先安装上cpan，方法如下：

• 对于Debian/Ubuntu系统：

bashCopy code
sudo apt-get install cpanminus

• 对于Red Hat/CentOS系统：

bashCopy code
sudo yum install perl-App-cpanminus

安装完成后，使用CPAN安装SVG模块，方法如下：

首先，打开终端并运行以下命令：

cpan

然后在CPAN提示符号中，输入以下命令来安装SVG模块：

install SVG

CPAN将下载、编译和安装SVG模块及其依赖项。

cp lib/SVG/DOM.pm blib/lib/SVG/DOM.pm
cp lib/SVG/Extension.pm blib/lib/SVG/Extension.pm
cp lib/SVG/XML.pm blib/lib/SVG/XML.pm
cp lib/SVG/Element.pm blib/lib/SVG/Element.pm
cp lib/SVG.pm blib/lib/SVG.pm

过程中会出现以下提示信息：

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安装成功后，提示如下信息：

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此时再重新使用LDBlockShow命令，则不会出现刚刚的报错信息，可以正常使用。

LDBlockShow使用方法

需要的输入文件是vcf格式，有了输入文件之后，运行如下代码即可绘制LD倒三角热图

LDBlockShow -InVCF file.vcf \
-OutPut re5 -Region 1:49670000:50680000\
-OutPng -SeleVar 1

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如果有GWAS的数据结果，想在倒三角和上面加上SNP位点的显著性（小曼哈顿图），直接使用-InGWAS参数即可。

所需GWAS示例结果如下：

$ head gwas.pvalue
chr11 24142640 0.00009
chr11 24142660 1.02e-9
chr11 24142669 1e-9

执行命令如下：

LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz \
-OutPut re2 -Region \
chr11:24100000:24200000 \
-InGWAS gwas.pvalue \
-OutPng -SeleVar 1

以上就是关于LDBlockshow使用的简单示例，更多内容请查看官方帮助文档。

参考资料：
https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf
https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/127498536
https://anaconda.org/bioconda/ldblockshow

本文由 mdnice 多平台发布