参考文章:
LD衰减图的理解与应用 - 简书 (jianshu.com)
连锁不平衡LD (popLDdecay+ LDBlockShow) - 知乎 (zhihu.com)
1.下载安装
网上有比较详细的教程,直接搜索。开始下载前,这是我截屏做的笔记,
之后就可以直接安装了
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
chmod 755 configure;
./configure;
make;
mv PopLDdecay ./bin/;
但是这个我解压不了,不过你们可以试试
我用的是
tar-zxvf PopLDdecayXXX.tar·gz
cd PopLDdecayXXX;
cd src;
make;
众所周知,我的Ubuntu被我卸载了重新安装了,然后第二次下载的时候报错,
解决办法是sudo apt-get install zlib1g-dev
注意,可以在当前目录下直接输入PopLDdecay或则是../bin/PopLDdecay,也可以是./bin/PopLDdecay,看你们的电脑那个可以,得到下面就说明下载成功
2.画图
可以需要在PopLDdecay文件下直接创建文件夹,
参考文章PopLDdecay 中文使用手册 - 知乎 (zhihu.com)
多个群体
有两个文件名列表,如wildName.list文件存wild1, wild2, wild3…wild25的名字,而culName.list存cul1, cul2, cul3…cul25
两步搞定,但是这个地方可能报错,因为我没设置环境变量,但只要正确路径就行
两步代码根据实际情况使用就行,
$ PopLDdecay -InVCF ~.vcf -OutStat subA_LDdecay -SubPop subA.txt
$ PopLDdecay -InVCF ~.vcf -OutStat subB_LDdecay -SubPop subB.txt
在你新建的文件夹下面,可以直接创建一个Pop.txt,包含两列,第一列为LD decay文件的路径,第二列为亚群的图例。在Pop.txt里面编辑
- Multi.list 文件格式共有两列,第一列为文件路径,第二列是群体ID的Flag. The format of <Multi.list> had two columns , the file path of population result and the population flag
/your/path/subA_LDdecay.stat.gz subA
/your/path/subB_LDdecay.stat.gz subB
绘制图,得出结果
$ perl ../Plot_MultiPop.pl -inList Pop.txt -output sub_Fig
上面是多个的,第二次跑我的数据不够完整,我只跑了一个的
bin/PopLDdecay -InVCF 12.vcf -OutStat Sub1_LDdecay -SubPop 2.txt
根据提示来,报错,
这个地方可能需要再次注意一下,时间问题,下次再弄两个图。