PopLDdecay画连锁不平衡LD学习笔记，1.5版本

参考文章：

LD衰减图的理解与应用 - 简书 (jianshu.com)

 连锁不平衡LD (popLDdecay+ LDBlockShow) - 知乎 (zhihu.com)

1.下载安装

网上有比较详细的教程，直接搜索。开始下载前，这是我截屏做的笔记，

之后就可以直接安装了

git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
chmod 755 configure;
./configure;
make;
mv PopLDdecay  ./bin/;

但是这个我解压不了，不过你们可以试试

我用的是

tar-zxvf  PopLDdecayXXX.tar·gz
cd PopLDdecayXXX;
cd src;
make；

众所周知，我的Ubuntu被我卸载了重新安装了，然后第二次下载的时候报错， 

解决办法是sudo apt-get install zlib1g-dev

注意，可以在当前目录下直接输入PopLDdecay或则是../bin/PopLDdecay,也可以是./bin/PopLDdecay,看你们的电脑那个可以,得到下面就说明下载成功

2.画图

可以需要在PopLDdecay文件下直接创建文件夹，

参考文章PopLDdecay 中文使用手册 - 知乎 (zhihu.com)

多个群体

有两个文件名列表，如wildName.list文件存wild1, wild2, wild3…wild25的名字，而culName.list存cul1, cul2, cul3…cul25

两步搞定，但是这个地方可能报错，因为我没设置环境变量，但只要正确路径就行

两步代码根据实际情况使用就行， 

$ PopLDdecay -InVCF  ~.vcf  -OutStat subA_LDdecay  -SubPop subA.txt

$ PopLDdecay -InVCF  ~.vcf  -OutStat subB_LDdecay  -SubPop subB.txt

在你新建的文件夹下面，可以直接创建一个Pop.txt，包含两列，第一列为LD decay文件的路径，第二列为亚群的图例。在Pop.txt里面编辑

1. Multi.list 文件格式共有两列，第一列为文件路径，第二列是群体ID的Flag. The format of <Multi.list> had two columns , the file path of population result and the population flag

/your/path/subA_LDdecay.stat.gz subA
/your/path/subB_LDdecay.stat.gz subB

绘制图，得出结果

$ perl ../Plot_MultiPop.pl  -inList  Pop.txt -output sub_Fig

上面是多个的，第二次跑我的数据不够完整，我只跑了一个的

bin/PopLDdecay -InVCF 12.vcf -OutStat Sub1_LDdecay -SubPop 2.txt

根据提示来，报错，

这个地方可能需要再次注意一下，时间问题，下次再弄两个图。