实验室服务器conda使用教程

前言

Miniconda比较简单，只能在命令行中使用，anaconda比较强大，有一个界面化的软件，但是占用系统空间较大。实验室服务器使用Linux系统，用命令行操作的miniconda就可以了。

1. 下载conda

国内服务器需要选择conda镜像，通常有清华源、中科大、北京外国语镜像。这里选择清华源镜像（使用帮助）。

• miniconda版本选择

网页（地址）上会显示对应不同系统、不同版本的Miniconda，服务器使用Linux系统，需要下载Linux版本对应的miniconda。看日期找到最新版本的Miniconda3-latest-Linux-X86_64.sh。复制链接地址。

复制链接到服务器，用服务器下载Miniconda。

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 安装conda

使用bash命令安装，注意安装路径，安装到自己的文件夹下。认真看安装过程提示信息，需要按Enter (回车键)或者输入yes，（如果输入yes时，不小心输多了，就按control和退格键删除）

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

（1）看到more就是按空格键翻页查看协议，按q退出

（2）接受协议，输入yes

（3）默认安装路径，按enter

（4）会询问是否需要初始化，输入yes

（5）显示安装已完成的提示信息

• 激活刚安装完成的软件

一般安装软件完成后需要重启，在Linux叫激活，有两种方式，第一种是重新登录服务器，第二种是输入以下命令：

source ~/.bashrc

3. 检查conda是否安装成功

安装一个软件后，需要检查软件是否安装成功，调用软件的帮助文档。

conda --help

4. 配置conda镜像

主要看自己的服务器在哪里，无论人在国外还是国内，使用的服务器在国内，就配置国内镜像。

# 下面这三行配置官网的channel地址
conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
##以上三句命令一次性复制粘贴或是单独复制粘贴到服务器

配置国内访问镜像，国内用户推荐的镜像，以下选清华或是北外的镜像都可以，以下代码块里的（1）和（2）选其中一个配置镜像，清华镜像的访问量很多，可以选北外镜像。

#（1）下面这四行配置清华大学的conda的channel地址，国内用户推荐
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
##配置清华镜像，四句代码一起复制粘贴到服务器

# （2）下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

• 查看配置镜像结果

配置镜像完成后会出现一个.condarc 文件，使用以下命令查看结果。

cat ~/.condarc

##关掉左上角的（base），运行以下两行代码
conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc
##不想关掉也没有关系

5. 创建conda环境

根据自己要跑的模型，在实验室服务器上创建相应的conda环境。

# 创建名为model的环境
conda create -y -n  model  python=3
#如果不加-y，中间会问需要继续进程吗？
#linux一般会默认安装python最新版本，除非所处的环境不能安装最新版本的。

# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

# 查看当前conda环境
conda info -e

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna
##激活成功会出现一个小括号（小环境名字，rna）
# 退出小环境
conda deactivate

6. 在环境中安装模型所需的库文件

Conda下载安装软件指定版本，-y 参数的作用是忽略提示。

注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base里， 首先要用conda激活小环境。

##在小环境里安装软件
# 激活环境
conda activate model
##安装库文件，其中的Pyinstaller 是你需要下载的库或包名，根据自己需求自行更改即可
pip install Pyinstaller -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##安装成功一般会出现三个done，
##有时候清华源安装不成功，可以使用其他镜像源进行安装，这里选择的是阿里云

# 调出帮助文档
Pyinstaller --help

##可以指定安装版本
pip install Pyinstaller==x.x.x -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##安装完成返回3个done，如果有一个文件比较大，终止了，可以重新运行安装命令

# 可以一次安装多个软件
pip install Pyinstaller1 Pyinstaller2 Pyinstaller3 -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##作为新手，建议一个个软件安装，有时候软件之间会出现冲突，conda不能解决软件之间的冲突问题。

• 国内常用的镜像源链接

阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/

清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

7. conda的其他用法

• 更新软件：conda update 软件名
• 卸载软件：conda remove 软件名
• 删除环境：conda remove -n 环境名 --all
• 克隆环境：conda create -n 新环境名 --clone 旧环境名
• 查找软件：conda search 软件名

注意：以上的操作要在小环境里

8. 服务器离线安装python库文件（以torch-summary为例）

首先打开PyPI（https://pypi.org/）下载torch-summary的.whl文件。

然后将.whl文件上传到服务器中的个人文件夹下。

最后运行命令

pip install --no-index torchsummary-1.5.1-py3-none-any.whl

安装成功

参考

• Linux安装conda