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前言
Miniconda比较简单,只能在命令行中使用,anaconda比较强大,有一个界面化的软件,但是占用系统空间较大。实验室服务器使用Linux系统,用命令行操作的miniconda就可以了。
1. 下载conda
国内服务器需要选择conda镜像,通常有清华源、中科大、北京外国语镜像。这里选择清华源镜像(使用帮助)。
- miniconda版本选择
网页(地址)上会显示对应不同系统、不同版本的Miniconda,服务器使用Linux系统,需要下载Linux版本对应的miniconda。看日期找到最新版本的Miniconda3-latest-Linux-X86_64.sh。复制链接地址。
复制链接到服务器,用服务器下载Miniconda。
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 安装conda
使用bash命令安装,注意安装路径,安装到自己的文件夹下。认真看安装过程提示信息,需要按Enter (回车键)或者输入yes,(如果输入yes时,不小心输多了,就按control和退格键删除)
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(1)看到more就是按空格键翻页查看协议,按q退出
(2)接受协议,输入yes
(3)默认安装路径,按enter
(4)会询问是否需要初始化,输入yes
(5)显示安装已完成的提示信息
- 激活刚安装完成的软件
一般安装软件完成后需要重启,在Linux叫激活,有两种方式,第一种是重新登录服务器,第二种是输入以下命令:
source ~/.bashrc
3. 检查conda是否安装成功
安装一个软件后,需要检查软件是否安装成功,调用软件的帮助文档。
conda --help
4. 配置conda镜像
主要看自己的服务器在哪里,无论人在国外还是国内,使用的服务器在国内,就配置国内镜像。
# 下面这三行配置官网的channel地址
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
##以上三句命令一次性复制粘贴或是单独复制粘贴到服务器
配置国内访问镜像,国内用户推荐的镜像,以下选清华或是北外的镜像都可以,以下代码块里的(1)和(2)选其中一个配置镜像,清华镜像的访问量很多,可以选北外镜像。
#(1)下面这四行配置清华大学的conda的channel地址,国内用户推荐
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
##配置清华镜像,四句代码一起复制粘贴到服务器
# (2)下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看配置镜像结果
配置镜像完成后会出现一个.condarc 文件,使用以下命令查看结果。
cat ~/.condarc
##关掉左上角的(base),运行以下两行代码
conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc
##不想关掉也没有关系
5. 创建conda环境
根据自己要跑的模型,在实验室服务器上创建相应的conda环境。
# 创建名为model的环境
conda create -y -n model python=3
#如果不加-y,中间会问需要继续进程吗?
#linux一般会默认安装python最新版本,除非所处的环境不能安装最新版本的。
# 创建小环境成功,并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境,安装一个python=3的软件作为依赖
# 查看当前conda环境
conda info -e
# 每次运行前,激活创建的小环境rna
conda activate rna
##激活成功会出现一个小括号(小环境名字,rna)
# 退出小环境
conda deactivate
6. 在环境中安装模型所需的库文件
Conda下载安装软件指定版本,-y 参数的作用是忽略提示。
注:软件都要安装在小环境中,不要安装在 base里, 首先要用conda激活小环境。
##在小环境里安装软件
# 激活环境
conda activate model
##安装库文件,其中的Pyinstaller 是你需要下载的库或包名,根据自己需求自行更改即可
pip install Pyinstaller -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##安装成功一般会出现三个done,
##有时候清华源安装不成功,可以使用其他镜像源进行安装,这里选择的是阿里云
# 调出帮助文档
Pyinstaller --help
##可以指定安装版本
pip install Pyinstaller==x.x.x -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令
# 可以一次安装多个软件
pip install Pyinstaller1 Pyinstaller2 Pyinstaller3 -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的冲突问题。
- 国内常用的镜像源链接
阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/
清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
7. conda的其他用法
- 更新软件:conda update 软件名
- 卸载软件:conda remove 软件名
- 删除环境:conda remove -n 环境名 --all
- 克隆环境:conda create -n 新环境名 --clone 旧环境名
- 查找软件:conda search 软件名
注意:以上的操作要在小环境里
8. 服务器离线安装python库文件(以torch-summary为例)
首先打开PyPI(https://pypi.org/)下载torch-summary的.whl文件。
然后将.whl文件上传到服务器中的个人文件夹下。
最后运行命令
pip install --no-index torchsummary-1.5.1-py3-none-any.whl
安装成功