分子结构解析——核磁共振、质谱与光谱技术的联合应用

一般通过定向合成、天然产物提取、发酵提取或半制备的方式得到单一组分的化合物，分子结构简单的化合物可对比文献氢谱碳谱来初步确定，复杂分子就需要联合多个检测手段来综合分析，尤其是判断复杂分子立体构型等方面。

一、判断方法流程：

1.纯度评估

使用液相色谱或气相色谱等方法评估化合物纯度：

-原料药纯度通常需达到≥99.0%。

-杂质纯度通常需达到≥90.0%。

2.平面结构推断

根据合成机理，结合核磁共振氢谱（¹H-NMR）、光谱（如UV、IR）及常规质谱（MS）数据，推断化合物的结构。

3.进一步分析

若合成机理不明确，或氢谱及质谱数据不足以判断结构，则需采用高级确证手段：核磁共振碳谱（¹³C-NMR）；二维核磁共振（2D-NMR）

4.立体构型确证（如存在立体构型）

使用专门针对立体结构的研究方法进行立体结构确证，包括以下手段。

NOESY：揭示质子与质子间在空间的相互接近关系，可推测分子的立体结构，但无法测量核间距的大小。

圆二色谱：通过测量分子在圆偏振光下对左旋和右旋光的不同吸收，可以获得与分子立体构型相关的光学活性信息。

单晶X射线衍射：通过分析分子在单晶状态下与X射线相互作用所产生的衍射图案，能够精确地获得分子中原子的空间排列

二、化合物进行结构分析的研究方法总结

三、常用方法经验分享

1.高分辨质谱（HRMS）/质谱（MS）

高分辨质谱是质谱的进阶版本，能够更精确地测量离子的质荷比，通常精确到小数点后四位或更多。两者区别如下：

特性	MS（普通质谱）	HRMS（高分辨质谱）
分辨率	较低	极高
质量精度	较低（通常为整数或一位小数）	极高（小数点后四位或更多）
应用场景	常规分析	复杂样品分析
成本	较低	较高
数据复杂度	简单	复杂

常见的离子片段
正模式	原因
M+14	在LCMS中羧酸与甲醇成酯，或其他多一个碳的情况
M+18	NH4
M+19	水合
M+23	钠离子
M+33	甲醇
M+39	钾离子
M+42	乙腈
M+64	乙腈+钠离子
2M+1	二聚体+氢离子，倍峰
2M+23	二聚体+钠离子
一系列相差42的峰	有可能被石蜡油污染
一系列相差44的峰	有可能被聚乙二醇油污染
M-16	脱除NH3
M-17	脱水
M-44	重排后脱CO2
M-56	脱叔丁基
M-100	脱Boc
(M+2)/2	分子络合两个氢离子，半峰

2.一维核磁共振波谱

理论分析核磁步骤：

a. 通过化学式计算不饱和度，正常如果不饱和度大于或者等于4，意味着可能存在芳香环。

b. 碳谱中确定等价碳原子个数。化学式中有几个碳，谱图中有多少个碳谱峰，确定多少个不等价碳原子。也是判断化学结构式是否有对称性问题。

c. 看1H氢谱谱图，寻找特征指纹谱峰。其中 7.0-8.0ppm 为芳香区域，10.0-11.0 ppm 为醛基区域，12-15ppm 为羧酸区域，而活泼氢一般表现为宽峰 。同样的也查看 13C 谱图，寻找特征谱峰。

d. 积分氢谱每簇峰，要满足积分面积和分子的氢个数一致。注意，有的活泼氢在质子溶剂中会不出峰，比如羟基在水或者甲醇溶剂中就不出峰。

e. 仔细观察谱峰的裂缝模式，使用N+1规则确定基团片段。

f. 通过氢谱和碳谱确定相应的功能团。碳谱常用技术有DEPT135和APT：

g. 把所有信息整合起来考虑，确定分子结构式链接不会违反 Lewis 规则，考虑上所有的碳原子和氢原子，确定不饱和度是否正确。

初学的小伙伴分析核磁还是比较费时费力的，我们也可以利用工具分析。一般可以使用MestRenova软件对图谱进行化学位移和积分处理，采用Chemdraw软件预测化合物的氢谱和碳谱数据，辅助判断平面结构。还可以利用摩熵化学数据库直接查询核磁数据，与文献报道的氢谱（1H NMR）或碳谱（13C NMR）数据进行比对，进行解析，更可靠准确。

方法一：

通过推测结构找寻真实实验谱图

首页绘制结构，检索找到“谱图信息”模块，可查看谱图信息（碳谱、氢谱、红外、质谱、拉曼等）。

方法二：

在首页点击“查谱图”，按要求输入碳谱位移数据，可查询匹配的结构。

当然，也可尝试使用摩熵化学的核磁预测工具。

3.圆二色谱（CD）

一种用于研究手性分子光学性质的分析技术，主要用于测量样品对左旋和右旋圆偏振光吸收的差异。它在生物化学、药物化学和材料科学中广泛应用，特别是在蛋白质、核酸和多糖等生物大分子的结构研究中。

3.1 CD谱图的特征

正峰和负峰：

正峰表示样品对左旋圆偏振光的吸收更强。

负峰表示样品对右旋圆偏振光的吸收更强。

特征峰位置：

不同手性分子或结构在特定波长下会显示特征峰，例如：蛋白质的α-螺旋结构在208 nm和222 nm附近有负峰。β-折叠结构在215 nm附近有负峰。

3.2 CD的优缺点

特性	优点	缺点
灵敏度	高灵敏度，适用于微量样品分析。	对样品纯度要求较高，杂质可能干扰结果。
样品量	所需样品量少，通常为微克级别。	样品浓度过低可能导致信号弱，难以解析。
分析速度	快速测量，通常几分钟内完成扫描。	对于复杂样品，可能需要多次扫描以提高信噪比。
结构信息	提供手性分子和生物大分子（如蛋白质、核酸）的二级结构和构象信息。	对复杂混合物的解析能力有限，难以区分多种结构的贡献。
适用范围	适用于蛋白质、核酸、多糖、手性小分子等多种手性体系。	需要透明溶剂，某些溶剂（如DMF）可能干扰测量。
仪器成本	仪器相对便宜，维护成本较低。	高端CD仪器（如远紫外CD）成本较高。
数据处理	数据解析软件成熟，可快速分析二级结构含量。	对复杂谱图的解析可能需要专业知识和经验。
应用领域	广泛应用于生物化学、药物开发、材料科学等领域。	对非手性分子或无光学活性的分子不适用。

本文对小分子化合物的结构确证方法进行了初步汇总，在实际工作中，因化合物结构和性质差异，对结构确证技术方法的选择应仔细分析后使用。利用一些分析预测性工具，能大大节约时间、经费成本。