SciFinder进阶教程，逆合成路线设计

继上一次分享如何利用Scifinder进行反应检索后，这一次咱来单独说说Scifinder数据库中的逆合成路线设计功能——Retrosynthesis！废话不多说，这里就不再介绍Scifinder了，直接上干货！！

逆合成的核心是“逆向思维”：从目标分子出发，反向推导它的前体，直到找到可以商业获取的起始物。这种方法看似简单，但它背后是一种极其强大的逻辑力量。1969年由Corey和Wipke首次正式提出的回溯合成预测，掀起了一场全合成的革命，提高了合理性和系统性。它设计了一连串的反应，将目标化合物递归分解成更简单的构件，直到达到商业上可获得的起始分子。这种方法彻底改变了有机合成的思维方式。它让化学家不再只是凭经验试错，而是通过递归拆解目标分子，像解数学题一样设计出一套合成路径。它在实践中非常奏效，比如，设计一种新药的合成路径时，逆合成可以迅速确认目标分子是否可行，并找到最短的路线。这种能力尤其在药物开发中至关重要，因为时间就是生命。

逆合成路线设计及预测在化学合成领域具有至关重要的作用，其重要性体现在以下几个方面：

• 系统化解决合成难题：通过逆向拆解目标分子（如药物、天然产物），将复杂问题分解为可操作的简单步骤，显著提高合成效率。
• 降低试错成本：传统合成依赖实验试错，耗时耗材。逆合成分析通过逆向拆解目标分子，系统化规划可能的反应路径，显著缩短研发周期。
• 推动创新药物研发：在候选药物分子设计阶段，逆合成分析可预判合成可行性，帮助优化分子结构。
• 绿色化学的关键工具：通过预测反应选择性和原子经济性，减少有毒试剂使用。

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SciFindern独特逆合成解决方案—Retrosynthesis

Retrosynthesis的运算基于世界上最大，更新速度最快，最权威的反应数据CASReact，加之先进的AI-搜索引擎技术，确保结果的质量和可靠性。通过Retrosynthesis，您可以在数分钟内获得新分子的预测合成路线，或查找已知分子的新合成路线，从而获得创新所需要的新想法。Retrosynthesis综合考虑合成人员在设计合成路线中必需考量的因素（收率、绿色、成本、原料是否易得等），设计出增值的反应路线。

• 通过Retrosynthesis 可以对已被文献报道或未被报道的化合物进行逆合成路线设计

• 既提供文献报道的已知路线，也提供预测的未有文献报道的路线

• 可自设相关参数，获得最符合自己预期的路线

– 合成深度（Depth）, 常见或稀有规则（ common or rare rules ）,保护或断裂的键（protecting or breaking bonds）, 选择相应的参数权重（selecting emphasis for scoring parameters）

• 提供已知路线和预测路线的参考文献（Evidence）

– 预测路线参考文献中的反应按照结构相似性进行排序

一、使用Retrosynthesis的方法

方法一：在呈现结构式的页面（文献、物质或反应），点击结构式，在弹出框中点击Create Retrosynthesis Plan

方法二：选择Reactions，在结构编辑器中绘制结构式，上传后在弹出框中点击Create Retrosynthesis Plan

预测合成路线获取示例：获取 Fluralaner（CAS RN 864731-61-3）的预测合成路线

①点击物质结构

②在弹出窗口中点击：Create Retrosynthesis Plan

①基于文献报道的已知反应的优化路线

②预测反应路线

①结果呈现：Overview显示完整逆合成路线，预估产率和成本

②Predicted Plan（绿色虚线代表预测步骤）

③Experimental Plan (红色实线代表来源于已经报道的反应)

①结果呈现：Steps显示合成路线中具体步骤信息，产率及可替代步骤

②支持此反应步骤的反应和文献信息，点击即获得反应信息结果集

③可替代反应步骤

④当鼠标移到某一步骤时，右侧路线图中该路线的底物 /产物标识转为高亮

⑤编辑路线选项

①支持此反应（D = H + J）步骤的反应和文献信息

①其他可选的反应步骤，点击后将更新为新路线

①合成深度通过为最长路径设置最多四个步骤来限制逆合成计划中允许的合成步骤数

②选择运行规则：

-通用规则(Common rules)包括实验室中经常使用的反应类型，有大量的文献实例支持的规则；

-不常见(Uncommon rules)或稀有( Rare rules)规则则是由较少实例支持的规则，但有可能揭示更多新颖的合成方法。

③标记断裂和被保护的键

二、逆合成路线自定义分值(Scoring)功能

可以自设相关参数，获得最符合预期的路线，在预测的逆合成路线结果中，点击左侧Scoring进行自定义评分，更改完毕后，点击Apply，完成设置。

Scoring Profile评分配置，可以设置为Off(极左)、Low、Medium或High(极右)；每个评分配置的默认设置是 “Medium”，如果需要更改，则可用鼠标拖动滚动条进行自定义设置。

一共有5项，每项有4档设置(off, low, medium, high)。

Complexity Reduction：降低步骤起始物相对于该步产物的复杂性；

Convergence：可调整逆合成路线中前体的数量，调高Convergence会提高路线的收敛(减少反应路线的线性长度)；

Evidence：每步反应的支持文献数量，根据支持特定反应类型的证据例子的数量多少来排列计划步骤/备选方案；

Yield：增加路线计划中每一步的产率，这有助于目标分子的产率；

Atom Efficiency：反应物中原子转化经济性。
 

可能会有人问，自己没有scifinder的账号，还有其他软件支持逆合成路线设计吗？其实市面上还有很多逆合成路线设计软件，包括但不限于Scifinder、Reaxys、摩熵化学MolAid、SYNTHIA、ChemAIRS等等。这里的话就额外拓展一下摩熵化学MolAid逆合成路线设计的使用步骤：

图：物质逆合成检索使用方式

示例步骤如下：

我们首先明确需要合成的目标分子，包括其结构式、化学性质等，查询该物质后进入检索列表，例如我们查询“白藜芦醇”，点击右侧“逆合成”模块进入逆合成页面。基于历史文献，专利等信息，摩熵化学提供了多条反应信息逆向推导，直到最终得到易得或商业化的原料为止。进入该页面后，左上角可通过“+”“-”符号进行页面的放大与缩小，也可以滑动鼠标进行。

在绘制区域，可点击“⊕”号进行下一步分析，也可通过更换条件来确认原料，只需点击绘制框内的“更换反应”进行更换。在此页面，我们可以进行筛选，包括反应条件、反应物、产物、产率等内容。

下方有众多路线说明信息。包括其反应描述以及参考文献，点击参考文献即可参看相应内容，如：文献名称、摘要、DOI 、发布年份、期刊等内容。逆合成功能支持导出结果，在下方路线说明那里，自行勾选相应的反应描述后，点击右上角的“导出图片”，即可下载。无论是用于学术报告、项目提案还是实验室记录，都能实现无缝对接与高效利用。

三、逆合成路线中增加立体选择性反应

①此符号表示：该步反应为立体选择性反应。

②在左侧对应的Steps也会以Stereoselective标记立体选择性反应。

③点击Alternative Steps查看替代路线。

④在替代路线结果集页面，可通过Stereochemistry选择立体选择性反应。

四、在 PatentPak Viewer 中使用 Retrosynthesis

①在PatentPak Viwer中，点击物质结构

②弹出物质相关信息窗口

③在弹出窗口中点击Create Retrosynthesis Plan，对此物质进行逆合成反应路线设计

参考：

【1】Corey EJ, Wipke WT. Computer-assisted design of complex organic syntheses: pathways for molecular synthesis can be devised with a computer and equipment for graphical communication. Science 1969;166(3902):178‒92.

【2】CAS Scifindern使用方法

【3】摩熵化学.化合物检索及合成设计平台.[DB/OL].https://chem.molaid.com.[1990-2024]